Klasifikasi makhluk hidup menjadi hewan dan tumbuhan adalah klasifikasi paling kuno. [[Aristoteles]] (384 SM – 322 SM) mengelompokkan hewan dalam bukunya [[Sejarah Hewan]], dan muridnya [[Theophrastus]] (sekitar 371 – sekitar 287 SM) secara bersamaan menulis tentang klasifikasi tumbuhan ([[Historia Plantarum|Sejarah Tumbuhan]]).<ref>{{Citation |last=Singer |first=Charles J. |year=1931 |title=A short history of biology, a general introduction to the study of living things |publication-place=Oxford |publisher=Clarendon Press |oclc=1197036 }}</ref>
[[Carolus Linnaeus]] (1707 – 1778) meletakkan dasar [[nomenclature biologi]] modern, yang sekarang distandardisasidistandarisasi dalam [[Nomenclature Codes]]. Dia mengklasifikasi makhluk hidup menjadi dua kingdom: ''Regnum Animale'' ('kingdom hewan') untuk [[hewan]] dan ''Regnum Vegetabile'' ('kingdom tumbuhan') untuk [[tumbuhan]]. (Linnaeus juga memasukkan included [[mineral]], menjadikannya kingdom ketiga, ''[[Mineralia|Regnum Lapideum]]''.) Linnaeus membagi setiap kingdom menjadi beberapa kelompok yang bernama [[phylum|phyla]] untuk hewan dan [[Divisi (biologi)|divisi]] untuk tumbuhan.
{{clade
Baris 187:
== Sistem Enam Kingdom ==
{{PhylomapB||caption= [[Pohon phylogenetic]] berdasarkan data [[rRNA]] menampilkan [[sistem tiga-domain]]|size = 450px}}
Sejak pertengahan 1970-an, semakin banyak riset di bidang komparasi gen pada level molekular (dimulai dengan gen [[ribosome|ribosomal]] [[RNA]]) sebagai faktor utama dalam klasifikasi; kemiripan genetik ditekankan terhadap penampilan luar dan perilaku. Tingakatan yuhu taxonomi, termasuk kingdom, adalah kelompok organisme dengan nenek moyang yang sama, baik [[monofilik]] (''semua'' keturunan dari satu nenek moyang yang sama) atau [[parafilik]] (hanya beberapa keturunan dari satu nenek moyang yang sama). Berdasarkan studi RNA, [[Carl Woese]] membagi prokaryote (Kingdom [[Monera]]) menjadi dua kelompok, yaitu [[bacterium|Eubacteria]] dan [[Archaea|Archaebacteria]], karena ada banyak perbedaan genetik antara dua kelompok ini. Eukaryote , seperti tumbuhan, fungi dan hewan mungkin tampak serupa, tetapi mirip dalam genetiknya di tingkatan molekular dibandingkan Eubacteria atau Archaebacteria. (Ditemukan juga bahwa eukaryote lebih dekat secara genetik dengan Archaebacteria daripada dengan Eubacteria.) Woese menciptakan sistem "tiga kingdom utama" atau "urkingdom".<ref name="Woese1977">{{Citation |last=Balch |first=W.E. |last2=Magrum |first2=L.J. |last3=Fox |first3=G.E. |last4=Wolfe |first4=C.R. |year=1977 |title=An ancient divergence among the bacteria |journal=J. Mol. Evol. |volume=9 |issue=4 |pages=305–11 |doi=10.1007/BF01796092 |coauthors=& Woese, C.R. |month=August |pmid=408502 }}</ref> In 1990, the name "domain" was proposed for the highest rank.<ref>{{Citation |last=Woese |first=C.R. |last2=Kandler |first2=O. |last3=Wheelis |first3=M. |year=1990 |title=Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya |journal=Proc Natl Acad Sci U S A |volume=87 |issue=12 |pages=4576–9 |doi=10.1073/pnas.87.12.4576 |pmid=2112744 |pmc=54159 |lastauthoramp=yes }}</ref> Sistem enam kingdom ini adalah hasil pencampuran sistem lima kingdom dan sistem tiga domain dari Woese.
