Phyre

perangkat lunak

Phyre dan Phyre2 (Protein Homology/AnalogY Recognition Engine; diucapkan seperti kata 'fire') adalah layanan berbasis website gratis untuk prediksi struktur protein.[1][2][3] Phyre adalah salah satu metode paling populer untuk informasi prediksi struktur protein dan telah dikutip 1.500 kali.[4] Seperti teknik pengenalan homologi jarak jauh lainnya (lihat Threading), Phyre mampu menghasilkan model protein yang andal secara teratur ketika metode lain yang juga banyak digunakan seperti PSI-BLAST tidak dapat melakukannya. Phyre2 telah dirancang untuk memastikan antarmuka yang ramah pengguna bagi pengguna yang tidak terlalu mahir dalam metode prediksi struktur protein. Pengembangannya didanai oleh Biotechnology and Biological Sciences Research Council.[5]

Phyre2
Pengembang
  • Lawrence Kelley
  • Bob Maccallum
  • Benjamin Jefferys
  • Alex Herbert
  • Riccardo Bennett-Lovsey
  • Michael Sternberg
Rilis stabil
2.0 / 23 Februari 2011; 10 tahun lalu (2011-02-23)
Bahasa pemrograman
Tersedia dalamBahasa Inggris
JenisBioinformatics alat untuk prediksi struktur protein
LisensiCreative Commons Attribution-2.0
Situs webwww.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2
Contoh hasil prediksi Phyre2 untuk struktur protein sekunder dan struktur tidak beraturan.
Contoh tabel informasi templat detail Phyre2.

ReferensiSunting

  1. ^ Lawrence Kelley; Riccardo Bennett-Lovsey; Alex Herbert; Kieran Fleming. "Phyre: Protein Homology/analogY Recognition Engine". Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London. Diakses tanggal 22 April 2011. 
  2. ^ Lawrence Kelley; Benjamin Jefferys. "Phyre2: Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0". Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London. Diakses tanggal 22 April 2011. 
  3. ^ Kelley, L. A.; Sternberg, M. J. E. (2009). "Protein structure prediction on the Web: A case study using the Phyre server" (PDF). Nature Protocols. 4 (3): 363–71. doi:10.1038/nprot.2009.2. PMID 19247286. 
  4. ^ Number of results returned from a search on Google Scholar (Google Scholar search)
  5. ^ "Help: About PHYRE2". PHYRE Protein Fold Recognition Server. The work on developing the Phyre2 web server is supported by a BBSRC tools and resources grant