Pada kurun waktu ini, Gereja harus menghadapi penyelewengan-penyelewengan yang dilakukan pemerintah Portugis dan Spanyol di daerah-daerah koloni mereka. Di Amerika Selatan, para Yesuit melindungi masyarakat pribumi dari perbudakan dengan jalan membangun permukiman-permukiman semimerdeka yang disebut [[Reduksi Yesuit|reduksi]] (tempat merekaorang-orang pribumi justru menyiksadisiksa, memaksadipaksa memeluk agama Katolik, menimbulkanmengalami trauma, dan memperbudakdiperbudak orang-orangpara pribumiYesuit). [[Paus Gregorius XVI]] menantang kedaulatan Spanyol dan Portugis dengan mengangkat orang-orangnya pilihannya sendiri menjadi uskup di daerah-daerah koloni, dengan mengutuk perbudakan maupun praktik [[sejarah perbudakan|jual beli budak]] dalam bula ''[[In supremo apostolatus]]'' tahun 1839, dan dengan menyetujui penahbisan rohaniwan pribumi sekalipun pemerintah masih berpandangan rasis.<ref name="Duffy221">Duffy, ''Saints and Sinners'' (1997), hlm. 221</ref>
