Salah satu filmnya yang kontroversial adalah "? (Tanda Tanya (?)" yang mempertanyakan tentang intoleransi<ref>{{cite web |url=http://www.thejakartapost.com/news/2011/04/10/questioning-intolerance.html |title=Questioning intolerance |date=April 10, 2011}}</ref> di mana [[Front Pembela Islam]] memprotesnya dan Hanung telah menemui [[Majelis Ulama Indonesia]] dan menyetujui memotong beberapa bagian filmnya.<ref>{{cite web |url=http://www.thejakartapost.com/news/2011/08/29/gp-ansor-regrets-sctvs-decision-cancelling-film-screening.html |title=GP Ansor regrets SCTV's decision of cancelling film '?' screening |date=August 29, 2011}}</ref> Walaupun begitu filmnya yang menyajikan kemoderenan dan kedamaian dalam Islam mendapat sambutan yang baik di [[Singapura]], [[Australia]] dan [[Kanada]].<ref>{{cite web |url=http://www.thejakartapost.com/news/2011/09/21/hanung’s-film-‘’-well-received-overseas.html |title=Hanung’s film ‘?’ well received overseas |date=September 21, 2011}}</ref>
