Pada 1980an dan 1990an, pemahaman sintesis evolusi modern makin runyamrumit. Terdapat pembaharuan tema-tema [[Strukturalisme (biologi)|strukturalis]] dalam biologi evolusi dalam hasil kerja para pakar biologi seperti [[Brian Goodwin]] dan [[Stuart Kauffman]],<ref>{{harvnb|Kauffman|1993|p=passim}}</ref> yang menginkorporasikan gagasan-gagasan dari [[sibernetik]] dan [[teori sistem]], dan menyatakan bahwa proses [[organisasi diri]] dari perkembangan sebagai faktor-faktor yang menggerakkan peristiwa evolusi. Pakar biologi evolusi Stephen Jay Gould membangkitkan gagasan-gagasan sebelumnya dari [[heterokroni]], alternasi-alternasi dalam tingkat-tingkat alternatif dari proses perkembangan atas peristiwa evolusi, mencatat generasi dari bentuk-bentuk novel, dan, dengan pakar biologi evolusi Richard Lewontin, menulis sebuah makalah berpengaruh pada 1979 yang menyatakan bahwa sebuah perubahan dalam satu struktur biologi, atau bahkan novelitas struktural, dapat timbul secara tak disengaja sebagai hasil kecelakaan seleksi pada struktur lain, ketimbang melalui seleksi terarah untuk adaptasi tertentu. Mereka menyebut perubahan struktural insidental semacam itu dengan sebutan "[[spandrel (biologi)|spandrel]]" yang mengambil nama dari sebuah fitur arsitektural.<ref>{{cite journal |last=Gould |first=Stephen Jay |date=September 30, 1997 |title=The exaptive excellence of spandrels as a term and prototype |journal=[[Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America|PNAS USA]] |volume=94 |issue=20 |pages=10750–10755 |bibcode=1997PNAS...9410750G |doi=10.1073/pnas.94.20.10750 |pmc=23474 |pmid=11038582 |ref=harv}}</ref> Kemudian, Gould dan [[Elisabeth Vrba]] mendiskusikan akuisisi fungsi-fungsi baru dari struktur-struktur novel yang timbul dalam mode tersebut, yang mereka sebut "[[eksaptasi]]".<ref>{{cite journal |last1=Gould |first1=Stephen Jay |last2=Vrba |first2=Elisabeth S. |authorlink2=Elisabeth Vrba |date=Winter 1982 |title=Exaptation—a missing term in the science of form |url=http://www2.hawaii.edu/~khayes/Journal_Club/fall2006/Gould_&_Vrb_1982_Paleobio.pdf |format=PDF |journal=[[Paleobiology (jurnal)|Paleobiology]] |volume=8 |issue=1 |pages=4–15 |jstor=2400563 |accessdate=2014-11-04 |ref=harv}}</ref>
Dtaa molekuler terkait mekanisme dalam [[biologi perkembangan|perkembangan]] yang melapisi terakumulasi secara cepat pada 1980an dan 1990an. Ini menjelaskan bahwa keragaman morfologi hewan bukanlah hasil dari set protein berbeda yang meregulasi perkembangan hewan berbeda, namun dari perubahan dalam penyimpanan sejumlah kecil protein yang umum di semua hewan.<ref>{{cite journal |last1=True |first1=John R. |last2=Carroll |first2=Sean B. |authorlink2=Sean B. Carroll |date=November 2002 |title=Gene co-option in physiological and morphological evolution |journal=[[Annual Review of Cell and Developmental Biology]] |volume=18 |pages=53–80 |doi=10.1146/annurev.cellbio.18.020402.140619 |pmid=12142278 |ref=harv}}</ref> Protein-protein tersebut menjadi dikenal sebagai "[[biologi perkembangan evolusi#Alat pengembangan genetik|alat pengembangan genetik]]."<ref>{{cite journal |last1=Cañestro |first1=Cristian |last2=Yokoi |first2=Hayato |last3=Postlethwait |first3=John H. |date=December 2007 |title=Evolutionary developmental biology and genomics |journal=[[Nature Reviews Genetics]] |volume=8 |issue=12 |pages=932–942 |doi=10.1038/nrg2226 |pmid=18007650 |ref=harv}}</ref> Sudut pandang semacam itu mempengaruhi disiplin-disiplin [[filogenetik]], paleontologi dan biologi perkembangan komparatif, dan menimbulkan disiplin baru dari biologi perkembangan yang juga dikenal sebagai ''evo-devo''.<ref>{{cite journal |last1=Baguñà |first1=Jaume |last2=Garcia-Fernàndez |first2=Jordi |year=2003 |title=Evo-Devo: the long and winding road |url=http://www.ijdb.ehu.es/web/paper.php?doi=14756346 |journal=[[The International Journal of Developmental Biology]] |volume=47 |issue=7–8|pages=705–713 |pmid=14756346 |accessdate=2014-11-04 |ref=harv}}
