Arkea: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
kTidak ada ringkasan suntingan |
|||
Baris 211:
== Struktur, perkembangan komposisi, dan operasi ==
[[Berkas:Methanobrevibacter smithii cell wall and membrane.png|300px|thumb|left|Diagram dari ''[[Methanobrevibacter smithii]]'', menunjukkan membran sel (oker, dengan inset) dan dinding sel (ungu).]]
Arkea dan bakteri memiliki struktur [[Sel (biologi)|sel]] yang umumnya sama, tetapi komposisi dan organisasi sel memisahkan arkea. Seperti bakteri, arkea tidak memiliki membran interior dan [[organel]].<ref name=PMID8177167/> Seperti bakteri, [[membran sel]] arkea biasanya dibatasi oleh dinding sel dan mereka berenang menggunakan satu atau lebih [[flagela]].<ref name=Thomas>{{
cite journal |author=Thomas NA, Bardy SL, Jarrell KF |title=The archaeal flagellum: a different kind of prokaryotic motility structure |journal=FEMS Microbiol. Rev. |volume=25 |issue=2 |pages=147–74 |year=2001 |pmid=11250034 |doi=10.1111/j.1574-6976.2001.tb00575.x|last2=Bardy |last3=Jarrell }}</ref> Secara struktural, arkea paling mirip dengan bakteri [[gram-positif]]. Kebanyakan memiliki membran plasma dan dinding sel tunggal, dan tidak ada ruang [[periplasmik]]; pengecualian untuk aturan umum ini adalah ''[[Ignicoccus]]'', yang memiliki sebuah periplasma sangat besar yang berisi [[vesikel]] bermembran dan tertutup oleh membran luar.<ref>{{
cite journal |author=Rachel R, Wyschkony I, Riehl S, Huber H |title=The ultrastructure of Ignicoccus: evidence for a novel outer membrane and for intracellular vesicle budding in an archaeon |journal=Archaea |volume=1 |issue=1 |pages=9–18 |date=March 2002 |pmid=15803654 |url=http://archaea.ws/archive/freetext/1-9.pdf|format=PDF |doi=10.1155/2002/307480 |pmc=2685547|last2=Wyschkony |last3=Riehl |last4=Huber }}</ref>
=== Dinding sel dan flagela ===▼
{{further2|[[Dinding sel]]}}▼
Kebanyakan arkea (tapi tidak ''[[Thermoplasma]]'' dan ''[[Ferroplasma]]'') memiliki dinding sel.<ref name=Golyshina/> Dalam kebanyakan arkea dinding dirakit dari protein permukaan-lapisan, yang merupakan [[lapisan-S]].<ref>{{▼
cite journal |author=Sára M, Sleytr UB |title=S-Layer proteins |journal=J. Bacteriol. |volume=182 |issue=4 |pages=859–68 |year=2000 |pmid=10648507 |url=http://jb.asm.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=10648507 |doi=10.1128/JB.182.4.859-868.2000 |pmc=94357|last2=Sleytr }}</ref> Sebuah S-layer adalah array kaku protein molekul yang menutupi bagian luar sel (seperti [[zirah rantai]]).<ref>{{▼
cite journal |author=Engelhardt H, Peters J |title=Structural research on surface layers: a focus on stability, surface layer homology domains, and surface layer-cell wall interactions |journal=J Struct Biol |volume=124 |issue=2–3 |pages=276–302 |year=1998|pmid = 10049812 |doi=10.1006/jsbi.1998.4070|last2=Peters }}</ref> Lapisan ini menyediakan baik perlindungan kimia dan fisik, dan dapat mencegah [[makromolekul]] mengalami kontak dengan membran sel.<ref name=Kandler1998>{{▼
cite journal |year=1998 |title=Cell wall polymers in Archaea (Archaebacteria) |journal=Cellular and Molecular Life Sciences (CMLS) |volume=54 |issue=4 |pages=305–308 |doi=10.1007/s000180050156 |url=http://www.springerlink.com/index/PXMTKQ8WH8X650ED.pdf|format=PDF |author1=Kandler, O |author2=König, H}}</ref> Tidak seperti bakteri, arkea tidak memiliki [[peptidoglikan]] di dinding sel mereka.<ref name="Howland">{{▼
cite book |last=Howland |first=John L. |year=2000 |title=The Surprising Archaea: Discovering Another Domain of Life |page=32 |location=Oxford |publisher=Oxford University Press |isbn=0-19-511183-4 }}</ref> [[Methanobacteriales]] memiliki dinding sel yang mengandung [[pseudopeptidoglikan]], yang menyerupai peptidoglikan eubacteria dalam morfologi, fungsi, dan struktur fisik, tetapi pseudopeptidoglikan berbeda dalam struktur kimia; tidak memiliki [[asam amino|asam amino-D]] dan [[asam N-asetilmuramat]].<ref name="Kandler1998"/>▼
[[Flagela]] arkea beroperasi seperti flagela bakteri—mereka tangkai panjang digerakkan oleh motor berputar di dasar. Motor ini didukung oleh [[gradien elektrokimia|gradien proton]] melintasi membran. Namun, flagela arkea terutama berbeda dalam komposisi dan pengembangan.<ref name=Thomas/> Kedua jenis flagela berevolusi dari nenek moyang yang berbeda. Flagela bakteri memiliki satu nenek moyang dengan [[sistem sekresi tipe III]],<ref>{{▼
cite journal |author=Gophna U, Ron EZ, Graur D |title=Bacterial type III secretion systems are ancient and evolved by multiple horizontal-transfer events |journal=Gene |volume=312 |issue= |pages=151–63 |date=July 2003 |pmid=12909351 |doi= 10.1016/S0378-1119(03)00612-7|url=http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0378111903006127|last2=Ron |last3=Graur }}</ref><ref>{{▼
cite journal |author=Nguyen L, Paulsen IT, Tchieu J, Hueck CJ, Saier MH |title=Phylogenetic analyses of the constituents of Type III protein secretion systems |journal=J. Mol. Microbiol. Biotechnol. |volume=2 |issue=2 |pages=125–44 |date=April 2000 |pmid=10939240|last2=Paulsen |last3=Tchieu |last4=Hueck |last5=Saier Jr }}</ref> sementara flagela arkea tampaknya telah berevolusi dari tipe IV [[Pilus|pili]] bakteri.<ref>{{▼
cite journal |author=Ng SY, Chaban B, Jarrell KF |title=Archaeal flagella, bacterial flagella and type IV pili: a comparison of genes and posttranslational modifications |journal=J. Mol. Microbiol. Biotechnol. |volume=11 |issue=3–5 |pages=167–91 |year=2006 |pmid=16983194 |doi=10.1159/000094053|last2=Chaban |last3=Jarrell }}</ref> Berbeda dengan flagela bakteri, yang berongga dan dirakit oleh subunit bergerak naik pori pusat ke ujung flagela tersebut, flagela arkea disintesis dengan menambahkan subunit di dasar.<ref>{{▼
cite journal |author=Bardy SL, Ng SY, Jarrell KF |title=Prokaryotic motility structures |journal=Microbiology (Reading, Engl.) |volume=149 |issue=Pt 2 |pages=295–304 |date=February 2003 |pmid=12624192 |url=http://mic.sgmjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=12624192 |doi=10.1099/mic.0.25948-0|last2=Ng |last3=Jarrell }}</ref>▼
=== Membran ===
Baris 236 ⟶ 251:
cite journal |author=Hanford MJ, Peeples TL |title=Archaeal tetraether lipids: unique structures and applications |journal=Appl. Biochem. Biotechnol. |volume=97 |issue=1 |pages=45–62 |date=January 2002 |pmid=11900115 |doi=10.1385/ABAB:97:1:45|last2=Peeples }}</ref> Sebagai contoh, lipid dalam ''[[Ferroplasma]]'' adalah dari jenis ini, yang diduga untuk membantu kelangsungan hidup organisme ini di habitatnya yang sangat asam.<ref>{{
cite journal |author=Macalady JL, Vestling MM, Baumler D, Boekelheide N, Kaspar CW, Banfield JF |title=Tetraether-linked membrane monolayers in Ferroplasma spp: a key to survival in acid |journal=Extremophiles |volume=8 |issue=5 |pages=411–9 |date=October 2004 |pmid=15258835 |doi=10.1007/s00792-004-0404-5|last2=Vestling |last3=Baumler |last4=Boekelheide |last5=Kaspar |last6=Banfield }}</ref>
▲=== Dinding sel dan flagela ===
▲{{further2|[[Dinding sel]]}}
▲Kebanyakan arkea (tapi tidak ''[[Thermoplasma]]'' dan ''[[Ferroplasma]]'') memiliki dinding sel.<ref name=Golyshina/> Dalam kebanyakan arkea dinding dirakit dari protein permukaan-lapisan, yang merupakan [[lapisan-S]].<ref>{{
▲cite journal |author=Sára M, Sleytr UB |title=S-Layer proteins |journal=J. Bacteriol. |volume=182 |issue=4 |pages=859–68 |year=2000 |pmid=10648507 |url=http://jb.asm.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=10648507 |doi=10.1128/JB.182.4.859-868.2000 |pmc=94357|last2=Sleytr }}</ref> Sebuah S-layer adalah array kaku protein molekul yang menutupi bagian luar sel (seperti [[zirah rantai]]).<ref>{{
▲cite journal |author=Engelhardt H, Peters J |title=Structural research on surface layers: a focus on stability, surface layer homology domains, and surface layer-cell wall interactions |journal=J Struct Biol |volume=124 |issue=2–3 |pages=276–302 |year=1998|pmid = 10049812 |doi=10.1006/jsbi.1998.4070|last2=Peters }}</ref> Lapisan ini menyediakan baik perlindungan kimia dan fisik, dan dapat mencegah [[makromolekul]] mengalami kontak dengan membran sel.<ref name=Kandler1998>{{
▲cite journal |year=1998 |title=Cell wall polymers in Archaea (Archaebacteria) |journal=Cellular and Molecular Life Sciences (CMLS) |volume=54 |issue=4 |pages=305–308 |doi=10.1007/s000180050156 |url=http://www.springerlink.com/index/PXMTKQ8WH8X650ED.pdf|format=PDF |author1=Kandler, O |author2=König, H}}</ref> Tidak seperti bakteri, arkea tidak memiliki [[peptidoglikan]] di dinding sel mereka.<ref name="Howland">{{
▲cite book |last=Howland |first=John L. |year=2000 |title=The Surprising Archaea: Discovering Another Domain of Life |page=32 |location=Oxford |publisher=Oxford University Press |isbn=0-19-511183-4 }}</ref> [[Methanobacteriales]] memiliki dinding sel yang mengandung [[pseudopeptidoglikan]], yang menyerupai peptidoglikan eubacteria dalam morfologi, fungsi, dan struktur fisik, tetapi pseudopeptidoglikan berbeda dalam struktur kimia; tidak memiliki [[asam amino|asam amino-D]] dan [[asam N-asetilmuramat]].<ref name="Kandler1998"/>
▲[[Flagela]] arkea beroperasi seperti flagela bakteri—mereka tangkai panjang digerakkan oleh motor berputar di dasar. Motor ini didukung oleh [[gradien elektrokimia|gradien proton]] melintasi membran. Namun, flagela arkea terutama berbeda dalam komposisi dan pengembangan.<ref name=Thomas/> Kedua jenis flagela berevolusi dari nenek moyang yang berbeda. Flagela bakteri memiliki satu nenek moyang dengan [[sistem sekresi tipe III]],<ref>{{
▲cite journal |author=Gophna U, Ron EZ, Graur D |title=Bacterial type III secretion systems are ancient and evolved by multiple horizontal-transfer events |journal=Gene |volume=312 |issue= |pages=151–63 |date=July 2003 |pmid=12909351 |doi= 10.1016/S0378-1119(03)00612-7|url=http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0378111903006127|last2=Ron |last3=Graur }}</ref><ref>{{
▲cite journal |author=Nguyen L, Paulsen IT, Tchieu J, Hueck CJ, Saier MH |title=Phylogenetic analyses of the constituents of Type III protein secretion systems |journal=J. Mol. Microbiol. Biotechnol. |volume=2 |issue=2 |pages=125–44 |date=April 2000 |pmid=10939240|last2=Paulsen |last3=Tchieu |last4=Hueck |last5=Saier Jr }}</ref> sementara flagela arkea tampaknya telah berevolusi dari tipe IV [[Pilus|pili]] bakteri.<ref>{{
▲cite journal |author=Ng SY, Chaban B, Jarrell KF |title=Archaeal flagella, bacterial flagella and type IV pili: a comparison of genes and posttranslational modifications |journal=J. Mol. Microbiol. Biotechnol. |volume=11 |issue=3–5 |pages=167–91 |year=2006 |pmid=16983194 |doi=10.1159/000094053|last2=Chaban |last3=Jarrell }}</ref> Berbeda dengan flagela bakteri, yang berongga dan dirakit oleh subunit bergerak naik pori pusat ke ujung flagela tersebut, flagela arkea disintesis dengan menambahkan subunit di dasar.<ref>{{
▲cite journal |author=Bardy SL, Ng SY, Jarrell KF |title=Prokaryotic motility structures |journal=Microbiology (Reading, Engl.) |volume=149 |issue=Pt 2 |pages=295–304 |date=February 2003 |pmid=12624192 |url=http://mic.sgmjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=12624192 |doi=10.1099/mic.0.25948-0|last2=Ng |last3=Jarrell }}</ref>
== Metabolisme ==
| |||