Metabolisme: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
Tidak ada ringkasan suntingan Tag: Dikembalikan VisualEditor |
|||
Baris 244:
[[File:A_thaliana_metabolic_network.png|pra=https://en.wikipedia.org/wiki/File:A_thaliana_metabolic_network.png|ka|jmpl|[[Jejaring metabolisme]] dari siklus asam sitrat ''[[Arabidopsis thaliana]].'' Enzim dan metabolit dilambangkan dengan kotak berwarna merah sedangkan interaksi di antara mereka ditunjukkan oleh garis hitam.]]
Secara klasik, metabolisme dipelajari dengan pendekatan [[Reduksionisme|reduksionis]] yang berfokus pada lintasan metabolisme tunggal. Pendekatan ini menggunakan [[pelacak radioaktif]] pada tingkat organisme, jaringan, atau sel. Lintasan metabolisme dari prekursor hingga produk akhir didefinisikan dengan mengidentifikasi berbagai senyawa intermediat dan produk yang memiliki label senyawa radioaktif.<ref>{{Cite journal|last=Rennie|first=Michael J.|date=November 1999|title=An introduction to the use of tracers in nutrition and metabolism|url=https://www.cambridge.org/core/journals/proceedings-of-the-nutrition-society/article/an-introduction-to-the-use-of-tracers-in-nutrition-and-metabolism/CD8DD251F9CE5D4A94DA4579F2ECAB74|journal=Proceedings of the Nutrition Society|language=en|volume=58|issue=4|pages=935–944|doi=10.1017/S002966519900124X|issn=1475-2719|access-date=2020-07-22|archive-date=2020-08-31|archive-url=https://web.archive.org/web/20200831113934/https://www.cambridge.org/core/journals/proceedings-of-the-nutrition-society/article/an-introduction-to-the-use-of-tracers-in-nutrition-and-metabolism/CD8DD251F9CE5D4A94DA4579F2ECAB74|dead-url=no}}</ref> Enzim-enzim yang mengatalisis reaksi-reaksi kimia [[Pemurnian protein|dimurnikan]] sehingga [[Kinetika enzim|kinetika]] dan responsnya terhadap [[inhibitor]] dapat dipelajari. Pendekatan paralel juga dilakukan untuk mengidentifikasi molekul-molekul kecil di dalam sel dan jaringan; serangkaian molekul lengkap ini dikenal dengan nama [[metabolom]]. Meskipun dapat memberikan gambaran yang baik tentang struktur dan lintasan metabolisme sederhana, studi ini tidak memadai ketika diterapkan pada sistem yang lebih kompleks, seperti metabolisme pada sebuah sel lengkap.<ref>{{Cite journal|last=Phair|first=Robert D.|date=1997-12|title=Development of kinetic models in the nonlinear world of molecular cell biology|url=https://doi.org/10.1016/S0026-0495(97)90154-2|journal=Metabolism|volume=46|issue=12|pages=1489–1495|doi=10.1016/s0026-0495(97)90154-2|issn=0026-0495}}</ref>{{Citation-needed}}
Kompleksitas [[jejaring metabolisme]] di dalam sel yang mengandung ribuan enzim berbeda dapat dilihat pada ilustrasi yang menampilkan reaksi 43 protein dan 40 metabolit: urutan genom pada gambar tersebut mengandung hingga 26.000 gen.<ref>{{Cite journal|last=Sterck|first=Lieven|last2=Rombauts|first2=Stephane|last3=Vandepoele|first3=Klaas|last4=Rouzé|first4=Pierre|last5=Van de Peer|first5=Yves|date=April 2007|title=How many genes are there in plants (… and why are they there)?|url=http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369526607000088|journal=Current Opinion in Plant Biology|series=Genome Studies and Molecular Genetics / Edited by Stefan Jansson and Edward S Buckler|language=en|volume=10|issue=2|pages=199–203|doi=10.1016/j.pbi.2007.01.004|issn=1369-5266|access-date=2020-07-22|archive-date=2020-07-22|archive-url=https://web.archive.org/web/20200722070348/https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369526607000088|dead-url=no}}</ref> Data [[genomika]] seperti ini dapat digunakan untuk mengonstruksi kembali jejaring reaksi biokimia yang lengkap dan menghasilkan model matematika yang lebih komprehensif untuk menjelaskan dan memprediksi bagaimana reaksi ini bekerja.<ref>{{Cite journal|last=Borodina|first=Irina|last2=Nielsen|first2=Jens|date=June 2005|title=From genomes to in silico cells via metabolic networks|url=http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166905000649|journal=Current Opinion in Biotechnology|series=Environmental biotechnology/Systems biology|language=en|volume=16|issue=3|pages=350–355|doi=10.1016/j.copbio.2005.04.008|issn=0958-1669}}</ref> Model ini ampuh ketika digunakan untuk mengintegrasikan data lintasan dan metabolit yang didapatkan melalui metode klasik dengan data [[ekspresi gen]] yang didapatkan dari studi [[proteomika]] serta [[DNA microarray|DNA ''microarray'']]<ref>{{cite journal|date=May 2006|title=Systems analyses characterize integrated functions of biochemical networks|journal=Trends in Biochemical Sciences|volume=31|issue=5|pages=284–91|doi=10.1016/j.tibs.2006.03.007|pmid=16616498|vauthors=Gianchandani EP, Brautigan DL, Papin JA}}</ref> Dengan teknik ini, model metabolisme manusia dapat dibentuk yang selanjutnya mengarahkan penemuan obat dan penelitian biokimia.<ref>{{Cite journal|last=Duarte|first=Natalie C.|last2=Becker|first2=Scott A.|last3=Jamshidi|first3=Neema|last4=Thiele|first4=Ines|last5=Mo|first5=Monica L.|last6=Vo|first6=Thuy D.|last7=Srivas|first7=Rohith|last8=Palsson|first8=Bernhard Ø|date=Februari 2007|title=Global reconstruction of the human metabolic network based on genomic and bibliomic data|url=https://www.pnas.org/content/104/6/1777|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences|language=en|volume=104|issue=6|pages=1777–1782|doi=10.1073/pnas.0610772104|issn=0027-8424|pmc=PMC1794290|pmid=17267599|access-date=2020-07-22|archive-date=2020-07-01|archive-url=https://web.archive.org/web/20200701130322/https://www.pnas.org/content/104/6/1777|dead-url=no}}</ref> Model ini juga digunakan dalam [[Teori jejaring|analisis jejaring]] untuk mengklasifikasikan penyakit manusia menjadi kelompok-kelompok berdasarkan kesamaan protein dan metabolit mereka.<ref>{{Cite journal|last=Goh|first=Kwang-Il|last2=Cusick|first2=Michael E.|last3=Valle|first3=David|last4=Childs|first4=Barton|last5=Vidal|first5=Marc|last6=Barabási|first6=Albert-László|date=Mei 2007|title=The human disease network|url=https://www.pnas.org/content/104/21/8685|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences|language=en|volume=104|issue=21|pages=8685–8690|doi=10.1073/pnas.0701361104|issn=0027-8424|pmc=PMC1885563|pmid=17502601|access-date=2020-07-22|archive-date=2020-07-22|archive-url=https://web.archive.org/web/20200722044708/https://www.pnas.org/content/104/21/8685|dead-url=no}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Lee|first=D.- S.|last2=Park|first2=J.|last3=Kay|first3=K. A.|last4=Christakis|first4=N. A.|last5=Oltvai|first5=Z. N.|last6=Barabasi|first6=A.- L.|date=Juli 2008|title=The implications of human metabolic network topology for disease comorbidity|url=https://doi.org/10.1073/pnas.0802208105|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences|language=en|volume=105|issue=29|pages=9880–9885|doi=10.1073/pnas.0802208105|issn=0027-8424|pmc=PMC2481357|pmid=18599447}}</ref>
| |||