Berikut koleksi yang dimiliki oleh Museum Benteng Vredeburg.
Baju Tentara yang berada di ruang diorama 4.
Baju PMI yang berada di ruang diorama 2.
Replika Kadet AU RI-Misi Pengeboman Putera Indonesia Pertama di ruang diorama 2.
Bendera UGM di ruang diorama 2.
Koleksi Koin di ruang diorama 2.
Koleksi uang kertas di druang diorama 2.
Replika patung Fatmawati sedang menjahit Bendera Pusaka Merah Putih di ruang diorama 2.
Meriam 2,5 Abad di halaman Museum Benteng Vredeburg.
Minirama Stasiun Tugu Yogyakarta di ruang diorama 2.
