Pohon Merkle atau lebih populer dalam istilah Bahasa Inggris, Merkle tree atau hash tree, dalam kriptografi dan sains komputer adalah sebuah pohon yang setiap daun (simpul)nya dilabeli dengan hash kriptografis dari sebuah blok data, sementara setiap simpul yang bukan daun (biasanya disebut cabang, simpul dalam atau inode) dilabeli sebagai dengan hash kriptografik dari child nodesnya. Pohon Merkle memungkinkan verifikasi yang efisien dan aman dari konten dari sebuag struktur data yang besar. Sebuah pohon Merkle adalah generalisasi dari daftar hash dan rantai hash.