Selain perbedaan kosa katakosakata, kedua bahasa juga memiliki perkataan-perkataan yang sama tetapi berbeda maksudnya ([[homonim]]). Oleh karena perkataan-perkataan tersebut seringkali digunakan dalam kedua bahasa tersebut, maka hal tersebut mudah menimbulkan kesalahpahaman.
Perbedaan makna ini terbentuk atas penuturan yang menjadi kelaziman dari kedua negara, sedangkan dalam segi tertulis tidak terbentuk perbedaan yang ketaraberarti sebab makna yang ada dalam bahasa Malaysia juga sebenarnya ada dalam bahasa Indonesia (makna bahasa Melayu dalam tiap daerah di Indonesia beragam mengingat banyaknya dialek bahasa Melayu di Indonesia)<ref>rujukan Kamus Besar Bahasa Indonesia susunan Pusat Bahasa Depdiknas</ref>. Beberapa perbedaan tersebut di antaranya:
