[[Berkas:Stromatolites in Sharkbay.jpg|thumb|right|250px|Stromatolit di Sharkbay]]
Asal-usul biofilm dapat ditelusuri hingga 3,5 milyarmiliar tahun yang lalu berdasarkan [[fosil]] biofilm yang ditemukan di [[Afrika]] bagian selatan dan [[Australia|Australia Barat]].<ref name="Campbell">Campbell NA, Reece JB. 2003. ''Biologi Jilid 2''. Ed. V. Terjemahan: Manalu W. Jakarta:Erlangga. Hal 92</ref> Fosil biofilm tersebut berbentuk [[stromatolit]] (Bahasa Yunani ''stroma'', "tempat tidur", dan ''lithos'', "batu") yaitu kubah bergaris-garis yang tersusun dari batuan sedimen yang sangat mirip dengan kerak berlapis-lapis, yang sekarang ini terbentuk pada dasar rawa berair asin dan beberapa laguna laut hangat oleh [[koloni]] bakteri dan [[sianobakteri]].<ref name="Campbell"/> Biofilm terbentuk karena prakarsa koloni bakteri dan sianobakteri yang melekat pada batuan tersebut.<ref name="Campbell"/> Sampai saat ini, fosil tersebut adalah fosil organisme hidup tertua yang diketahui sehingga biofilm diperkirakan sudah ada pada awal mula kehidupan di bumi.<ref name="Campbell"/>
