Pada tahun [[1156]], Kiyomori dan [[Minamoto no Yoshitomo]] berpihak pada [[Kaisar Goshirakawa]] dalam peristiwa yang disebut [[Pemberontakan Hōgen]]. Atas jasa-jasanya membantu kaisar sebagai pihak yang menang, Kiyomori diangkat sebagai pejabat kepercayaan kaisar. Ia ditunjuk sebagai penguasa [[Provinsi Harima]] dan pejabat [[Dazaifu|Dazai no daini]]. Kiyomori menjalin persekutuan dengan [[Fujiwara no Michinori]] dalam usahanya memperluas kekuasaan klan Taira hingga ke seluruh negeri. Di lain pihak, [[Fujiwara no Nobuyori]] dan [[Minamoto no Yoshitomo]] merasa tidak senang melihat Kiyomori menjadi begitu berkuasa dan melancarkan [[Pemberontakan Heiji]] di tahun [[1159]]. Dalam peristiwa ini, pasukan klan Taira berhasil menaklukkan pasukan klan Minamoto. Dimulai dengan pelaksanaan hukuman mati terhadap Minamoto no Yoshitomo dan putranya ([[Minamoto no Yoshihira]]), Kiyomori memimpin sendiri pelaksanaan hukuman mati terhadap sisa-sisa klan Minamoto. Hukuman buang ke [[Provinsi Izu]] dijatuhkannya bagi putra ketiga Yoshitomo yang bernama [[Minamoto no Yoritomo]].
