Soedjojono lahir dari keluarga transmigran asal [[Pulau Jawa]]. OrangAyahnya, tuanyaSindudarmo, adalah buruhmantri perkebunankesehatan di perkebunan karet Kisaran, [[Sumatera Utara]], beristrikan seorang buruh perkebunan. Ia lalu dijadikan anak angkat oleh seorang guru HIS, Yudhokusumo. Oleh bapak angkat inilah, Djon (nama panggilannya) diajak ke Jakarta (waktu itu masih bernama Batavia) pada [[1925]]. Ia menamatkan HIS di Jakarta, lalu melanjutkan SMP di [[Bandung]], dan menyelesaikan SMA di Perguruan Taman Siswa di [[Yogyakarta]]. Di Yogyakarta itulah ia sempat belajar montir sebelum belajar melukis kepada RM Pirngadie selama beberapa bulan. Sewaktu di Jakarta, ia belajar kepada pelukis [[Jepang]], Chioji Yazaki.
