Selepas tengah malam pada [[18 Mei]] [[2003]] Presiden [[Megawati Sukarnoputri]] memberikan izin operasi militer melawan anggota separatis.<ref>[http://www.rumormillnews.com/cgi-bin/archive.cgi/noframes/read/32311 Indonesia'S Military Begins Big Aceh Offensive<!-- Bot generated title -->]</ref> Ia juga menerapkan darurat militer di Aceh selama enam bulan. Pemerintah Indonesia menempatkan 30.000 tentara dan 12.000 polisi di Aceh.<ref name="people"/>
DiPada bulan Juni, pemerintah mengumumkan niat mereka untuk mencetak KTP baru yang harus dibawa semua penduduk Aceh untuk membedakan pemberontak dan warga sipil. [[Lembaga Swadaya Masyarakat|LSM-LSM]] dan lembaga bantuan diperintahkan untuk menghentikan operasinya dan meninggalkan wilayah tersebut. Seluruh bantuan harus dikoordinasikan di [[Jakarta]] melalui pemerintah dan [[Palang Merah Indonesia]].<ref name="global"/>
DiPada bulan Mei [[2004]], darurat militer di Aceh diturunkan menjadi darurat sipil.<ref name="people"/> [[Menteri Koordinator bidang Politik dan Keamanan|Menko Polkam]] ''ad interim'' Indonesia [[Hari Sabarno]] mengumumkan perubahan ini setelah rapat kabinet [[13 Mei]] [[2004]]. Pemerintah mengumumkan terjadinya kemajuan yang berarti, dan ribuan anggota GAM terbunuh, tertangkap dan menyerahkan diri.<ref name="global"/>
