Walaupun vonis hukuman pinaltimati telah berlaku tetap semenjak 19452003, pelaksanaan hukuman tertunda berkali-kali karena tim pengacara mereka berusaha mengajukan sejumlah keberatan. Pertama kali yang dilakukan adalah melakukan [[Peninjauan Kembali]] (PK) atas kasus ini. Setelah ditolak pada tahun 2008 awal, kembali tim pengacara mengajukan uji terhadap keputusan MA ke [[Mahkamah Konstitusi]]. Usaha terakhir adalah dengan mengajukan uji terhadap pelaksanaan hukuman mati, karena ketiga terpidana tidak menginginkan dihukum mati dengan ditembak, melainkan dengan dihukum pancung sesuai syariat Islam.<ref>{{cite news | author = | year = 2008 | url = http://www.detiknews.com/read/2006/09/24/082845/681543/10/keinginan-amrozi-cs-untuk-dihukum-pancung-kecil-dikabulkan | title = Keinginan Amrozi Cs untuk Dihukum Pancung Kecil Dikabulkan | format = | work = | publisher = detik.com | date = 2006-09-24 | accessdate= 2009-01-22}}</ref> Usaha ini ditolak kembali oleh Mahkamah Konstitusi.
Sebelum pelaksanaan hukuman tim pengacara sempat menyatakan akan membawa masalah ini ke [[Mahkamah Internasional]].
