DNA polimerase: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
Tidak ada ringkasan suntingan |
Tidak ada ringkasan suntingan |
||
Baris 1:
'''DNA polimerase''' adalah sebuah [[enzim]] yang mengkatalisasi reaksi polimerisasi [[deoksiribonukleotida]] menjadi rantai [[DNA]], dengan kata lain enzim ini mengkatalisasi reaksi pembentukan DNA. DNA polimerase pertama kali ditemukan pada tahun 1957
| last = Alberts
| first = Bruce
| authorlink = Bruce Alberts
| title = Molecular Biology of the cell
| publisher = Garland Science
| date = 2008
| location =
| pages =
| url =
| doi =
| id = ISBN 978-0-8153-4106-2 }}</ref>
. DNA polimerase membaca rantai DNA utuh sebagai cetakan (''templat'') dan menggunakannya untuk membentuk rantai baru. Molekul polimer yang baru terbentuk merupakan komplemen atau pasangan dari rantai yang digunakan sebagai cetakan, dan identik dengan pasangan dari rantai cetakan sebelum terjadi reaksi.
== Peran ==
[[Berkas:DNA polymerase.svg|thumb|200px|right|DNA polimerase dalam pemanjangan rantai dan ''proofreading'' (koreksi cetakan)]]
DNA Polimerase berperan dalam [[elongasi]] dan ''proofreading''.<ref>{{cite book
| last = Murray RK
| first =
| authorlink =
| title = Biokimia Harper
| publisher = EGC
| date = 2003
| location =
| pages =
| url =
| doi =
| id = }}</ref>
<ref>{{cite book
| last = Alberts
| first = Bruce
| authorlink = Bruce Alberts
| coauthors = Dennis Bray, Karen Hopkin, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter
| title = Essential Cell Biology
| publisher = Garland Science
| date = 2004
| location = New York
| pages =
| url =
| doi =
| id = ISBN 0-8153-3481-8}}</ref>
* '''Elongasi'''. Elongasi atau pemanjangan rantai menentukan kecepatan berlangsungnya reaksi polimerisasi (nukleotida per detik), yang dinyatakan sebagai prosesivitas yaitu jumlah nukleotida yang ditambahkan sebelum enzim DNA polimerase ini melepaskan dirinya dari rantai cetakan.
* '''''Proofreading''''' merupakan aktivitas mengenali kekeliruan pengkopian dan memperbaikinya. Penelitian terbaru pada sel jaringan ikat manusia menyatakan ada tiga jenis DNA polimerase yang terlibat dalam terjadinya pemotongan nukleotida, dalam rangka koreksi terhadap DNA, yaitu DNA polimerase δ, ε, dan κ <ref>{{cite journal| author=Tomoo Ogi; Siripan Limsirichaikul; Rene M. Overmeer; Marcel Volker; Katsuya Takenaka; Ross Cloney; Yuka Nakazawa; Atsuko Niimi; Yoshio Miki; Nicolaas G. Jaspers; Leon H.F. Mulenders; Shunici Yamashita; Maria I. Fousteri; Alan R. Lehmann | date=2010 | title=''Three DNA Polymerases, Recruited by Different Mechanisms, Carry Out NER Repair Synthesis in Human Cells'' | journal =Molecular Cell | volume = 37 | page = 714-727 | DOI = 10.1016/j.molcel.2010.02.009 | URL = http://www.sciencedirect.com/science?_ob=MImg&_imagekey=B6WSR-4YK7PBN-G-T&_cdi=7053&_user=9050075&_pii=S1097276510001267&_orig=search&_coverDate=03%2F12%2F2010&_sk=999629994&view=c&wchp=dGLbVlz-zSkWb&md5=504e924afd529474c9eabe953cda5a71&ie=/sdarticle.pdf }}</ref>
== Mekanisme kerja ==
DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida-nukleotida bebas hanya pada ujung 3' dari rantai yang baru terbentuk. Hal ini menyebabkan terjadinya elongasi atau pemanjangan pada rantai baru dengan arah dari ujung 5' ke ujung 3'. DNA polimerase tidak bisa memulai rantai baru. DNA polimerase hanya bisa menambahkan nukleotida ke ujung 3' yang sudah ada, oleh karena itu membutuhkan ''primer'' sehingga nukleotida dapat ditambahkan. Nukleotida yang ditambahkan yaitu salah satu dari empat ''
| last = Pritchard
| first = Dorian J
| authorlink = Dorian Pritchard
| coauthors = Bruce R. Korf
| title = Medical Genetics at a Glance
| publisher = Blackwell Publishing
| date = 2008
| location =
| pages = 19
| url =
| doi =
| id = ISBN 978-1-4051-4846-7}}</ref>
DNA polimerase menggunakan satu situs aktif tunggal dalam reaksi [[katalisasi]] penambahan satu dari empat ''deoksiribonukleosidatrifosfat'' (dNTP) pada rantai tunggal DNA yang digunakan sebagai cetakan untuk membentuk DNA utuh, dalam hal ini menjadi DNA rantai ganda.
Baris 17 ⟶ 67:
Struktur DNA Polimerase diketahui melalui kristalografi sinar-x menyerupai tangan kanan. DNA polimerase dianalogikan terbagi atas tiga bagian yaitu ibu jari, jari-jari tangan lainnya, serta telapak tangan.<ref>{{cite journal| author=Thomas A. Steitz | date=1999 | title=''DNA Polymerases: Structural Diversity and Common Mechanisms'' | journal = The Jornal of Biological Chemistry | volume = 274 | page = 17395-17398 | url = http://www.jbc.org/content/274/25/17395.full.pdf+html }}</ref>
<ref>{{cite journal| author=Premal H. Patel; Lawrence A. Loeb | date=2000 | title=''DNA polymerase active site is highly mutable Evolutionary consequences'' | journal = PNAS | volume = 97 | page = 5095-5100 | url = http://www.pnas.org/content/97/10/5095.full.pdf+html }}</ref>
# '''Daerah telapak tangan''' dari DNA polimerase tersusun atas helai beta serta situs katalis utama pada DNA polimerase.
| last = Watson
# '''Daerah jari-jari tangan lainnya''' dari DNA polimerase berperan penting saat suatu pasangan basa yang sesuai terbentuk antara nukleotida dengan cetakannya, bergerak mengurung nukleotida tersebut, kemudian memicu terjadinya reaksi katalisis dengan memindahkan nukleotida tersebut lebih dekat dengan ion-ion logam katalis yang ada di daerah telapak tangan.▼
| first = James D
# '''Daerah ibu jari''' dari DNA polimerase tidak secara langsung terlibat dalam dalam reaksi katalisis, melainkan hanya berinteraksi dengan DNA yang baru saja terbentuk. Hal ini berfungsi untuk mempertahankan posisi ''primer'' dengan situs aktif dari enzim DNA polimerase ini tetap dekat serta membantu DNA polimerase tetap bergabung dengan [[substrat]]nya. Daerah ini juga berperan dalam prosesivitas DNA polimerase.▼
| authorlink = James Watson
| coauthors = Tania A. Baker, Stephen P. Bell, Alexander Gann, Michael Levine, Richard Losick
| title = Molecular Biology of the Gene
| publisher = Pearson Education, Inc
| date = 2008
| location = San Francisco
| pages = 204
| url =
| doi =
| id = ISBN 0-321-50781-9 / 978-0-321-50781-5 }}</ref> Daerah ini berperan dalam katalisis reaksi transfer gugus fosfor.
▲# '''Daerah jari-jari tangan lainnya''' dari DNA polimerase berperan penting saat suatu pasangan basa yang sesuai terbentuk antara nukleotida dengan cetakannya
| last = Watson
| first = James D
| authorlink = James Watson
| coauthors = Tania A. Baker, Stephen P. Bell, Alexander Gann, Michael Levine, Richard Losick
| title = Molecular Biology of the Gene
| publisher = Pearson Education, Inc
| date = 2008
| location = San Francisco
| pages = 205
| url =
| doi =
| id = ISBN 0-321-50781-9 / 978-0-321-50781-5 }}</ref>
▲# '''Daerah ibu jari''' dari DNA polimerase tidak secara langsung terlibat dalam dalam reaksi katalisis, melainkan hanya berinteraksi dengan DNA yang baru saja terbentuk. Hal ini berfungsi untuk mempertahankan posisi ''primer'' dengan situs aktif dari enzim DNA polimerase ini tetap dekat serta membantu DNA polimerase tetap bergabung dengan [[substrat]]nya.<ref>{{cite
| last = Watson
| first = James D
| authorlink = James Watson
| coauthors = Tania A. Baker, Stephen P. Bell, Alexander Gann, Michael Levine, Richard Losick
| title = Molecular Biology of the Gene
| publisher = Pearson Education, Inc
| date = 2008
| location = San Francisco
| pages = 206-207
| url =
| doi =
| id = ISBN 0-321-50781-9 / 978-0-321-50781-5 }}</ref> Daerah ini juga berperan dalam prosesivitas DNA polimerase.
== DNA polimerase pada prokariota ==
Baris 34 ⟶ 120:
== Referensi ==
{{reflist|2}}
▲* Murray RK, Granner DK, Mayes PA, Rodwel VW. Alih Bahasa : Andry Hartono. Editor Bahasa Indonesia: Anna P. Bani, Tiara M.N. Sikumbang (2003). ''Biokimia Harper''. Edisi 25. EGC. ISBN 979-448-593-4
▲* Bruce Alberts, Dennis Bray, Karen Hopkin, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter (2004). ''Essential Cell Biology''. Edisi 2. ISBN 0-8153-3481-8
[[Kategori:Biomolekul]]
| |||