Namun simbiosis mutualisme yang timbul pada saat itu belum begitu membawa perubahan yang berarti. Masyarakat Tana Toraja mayoritas masih berpegang teguh pada adat istiadat, kebiasaan setempat, dan kepercayaan Aluk Todolo yang tentunya merupakan ajaran warisan nenek moyang. Apalagi, hadirnya Islam sebagai salah satu kekuatan politik bagi kerajaan Bugis justru malah dipandang sebagai kekuatan agresor yang berusaha untuk menguasai Tana Toraja sepenuhnya. Hingga pada abad ke-19 ada salah seorang bangsawan Toraja yang akhirnya memilih untuk masuk dan memeluk Islam yang dikenal memiliki gelar Puang Sondong atau Puang Pitu.
Penyebaran Islam di Tana Toraja kemudian lebih banyak dilakukan lewat perkawinan. Minimnya proses dakwah dan trauma sejarah terhadap Kerajaan Bone, yang kemudian diasosiasikan sebagai perwujudan Islam agresif, dimanfaatkan betul oleh penjajah [[Belanda]] saat itu. Ketika menginjakkan kaki pada tahun 1902, Belanda juga turut membawa kalangan misionaris dengan tujuan melakukan [[kristenisasipenginjilan]] Kristen di wilayah Tana Toraja. Sekolah-sekolah didirikan dan guru-guru sekolahnya didatangkan dari [[Sangihe Talaud]] dan [[Ambon]]. Pada awalnya, proses Kristenisasipenginjilan dan penjajahan itu tidak berjalan mulus sebagaimana mestinya. Masyarakat kemudian mengadakan perlawanan, termasuk diantaranya perlawanan bersenjata oleh Pong Tiku atau Ne'Baso, pahlawan nasional yang merupakan orang asli Toraja, untuk menghalau dan mengusir Belanda dari Tana Toraja dalam kurun waktu 1905 hingga 1907. Puncaknya, terjadi pembunuhan terhadap seorang misionaris Belanda bernama A.A. van de Loosdrecht pada 1917. Namun setelah menempuh cara melalui kekuatan senjata, proses Kristenisasi itu akhirnya bisa berjalan lebih cepat. Perlawanan perlahan-lahan mulai surut dan akhirnya bisa diredam. Sikap adaptif dari kalangan penginjil terhadap nilai-nilai yang ada dalam Aluk Todolo membuat agama Kristen menjadi lebih mudah diterima masyarakat Toraja.
Begitulah gambaran hubungan yang dibina antara masyarakat Toraja yang masih menganut alukAluk todoloTodolo dengan agama lainnya yang masih bertahan hingga sekarang. Tongkonan menjadi lambang toleransi antar kepercayaan yang berbeda tersebut di dalam masyarakat Toraja.<ref>[http://arsip.gatra.com/2008-09-29/majalah/artikel.php?pil=23&id=119301 Gatra: Aluk Todolo Berdampingan dengan Islam dan Kristen] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190327101253/http://arsip.gatra.com/2008-09-29/majalah/artikel.php?pil=23&id=119301 |date=2019-03-27 }}. 29 September 2008. Diakses 24 Maret 2019.</ref>
