Soedjojono terlahir Soedjiojono lahir dari keluarga transmigran asal [[Pulau Jawa]]. Ayahnya, Sindudarmo, adalah mantri kesehatan di perkebunan karet Kisaran, [[Sumatra Utara]], beristrikan Marijem, seorang buruh perkebunan. Ia lalu dijadikan anak angkat oleh seorang guru HIS, Joedhokoesoemo. Oleh bapak angkat inilah, Djon (nama panggilannya) diajak ke Jakarta (waktu itu masih bernama Batavia) pada [[1925]]. Ia menamatkan HIS di Jakarta, lalu melanjutkan SMP di [[Cimahi]], dan menyelesaikan sekolah guru di Taman Guru, Perguruan Taman Siswa, [[Yogyakarta]]. Di Yogyakarta itulah ia sempat belajar montir sebelum belajar melukis kepada RM Pirngadie selama beberapa bulan. Sewaktu di Jakarta, ia belajar kepada pelukis [[Jepang]], Chioyi Yazaki.
