* Madrasah Aliyah Negeri setingkat SMA berjumlah 1 sekolah
* Madrasah Aliyah Swasta setingkat SMA berjumlah 1 sekolah
[[Berkas:95_SMA.jpg|pra=https://id.wikipedia.org/wiki/Berkas:95_SMA.jpg|ka|jmpl|225x225px|SMA{{Pranala mati|date=Mei 2021 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }} Negeri Siwalima Boarding School Ambon adalah salah satu contoh sekolah di Kota Ambon yang dimiliki pemda provinsi<ref>{{Cite web|url=http://dapo.dikdasmen.kemdikbud.go.id/sekolah/3C8074AE1E9447A937B8|title=Data Pokok SMAN SIWALIMA AMBON - Dapodikdasmen|website=dapo.dikdasmen.kemdikbud.go.id|language=id|access-date=2018-01-20|archive-date=2018-01-20|archive-url=https://web.archive.org/web/20180120235910/http://dapo.dikdasmen.kemdikbud.go.id/sekolah/3C8074AE1E9447A937B8|dead-url=yes}}</ref>]]
