Secara administrasi pemerintahan Kota Pekalongan dipimpin oleh seorang wali kota dan wakil wali kota yang membawahi koordinasi atas wilayah administrasi kecamatan yang dikepalai oleh seorang camat. Kecamatan dibagi lagi menjadi beberapa kelurahan yang dikepalai oleh seorang lurah. Seluruh camat dan lurah merupakan jajaran pegawai negeri sipil di lingkungan pemerintah kota. Sejak 2005, wali kota Pekalongan dan wakilnya dipilih langsung oleh warga kota dalam pilkada, setelah sebelumnya dipilih oleh anggota DPRD kota.
{{utama|Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kota Pekalongan}}
{{:Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kota Pekalongan}}
==== Kecamatan ====
{{utama|Daftar kecamatan dan kelurahan di Kota Pekalongan}}
Berdasarkan Peraturan Daerah Kota Pekalongan Nomor 8 Tahun 2013 Tentang Penggabungan Kelurahan Di Lingkungan Pemerintah Kota Pekalongan<ref>[https://scontent-sin1-1.xx.fbcdn.net/hphotos-prn2/v/t1.0-9/s720x720/10897118_1023839820965987_941223204475190806_n.jpg?oh=47ac7f6b175683b53b6b61d0f77dfb04&oe=56A75DEC Daftar Kelurahan Kota Pekalongan Pasca Merger]</ref>, berikut Nama Kelurahan di Kota Pekalongan hasil penggabungan sejak 1 Januari 2015:
{{:Daftar kecamatan dan kelurahan di Kota Pekalongan}}
