[[Berkas:Donald Izacus Pandjaitan 1966 Indonesia stamp.jpg|jmpl|Perangko D.I. Pandjaitan keluaran tahun 1966]]
Pada jam-jamtengah awalmalam tanggal [[1 Oktober]] [[1965]], sekelompok anggota Gerakan 30 September meninggalkan [[Lubang Buaya]] menuju pinggiran Jakarta. Mereka memaksa masuk pagar rumah Panjaitan di Jalan [[HasanudinHasanuddin]], [[Kebayoran Baru]], [[Jakarta Selatan]], lalu menembak dan menewaskan salah seorang pelayan yang sedang tidur di lantai dasar rumah dua lantai dan menyerukan Panjaitan untuk turun ke bawah. Dua orang pemuda yaitu [[Albert Naiborhu]] dan [[ViktorVictor Naiborhu]] terluka berat saat mengadakan perlawanan ketika D.I. PanjaitanPandjaitan diculik, tidak lama kemudian Albert meninggal. Setelah penyerang mengancam keluarganya, PanjaitanPandjaitan turun dengan memakai seragam dinas yang lengkap berdoa, sambil menyerahkan diri kepada Yang Maha Esa untuk memenuhi panggilan tugas yang dimanipulasi oleh gerombolan PKI dan ditembak mati. mayatnya dimasukkan ke dalam truk dan dibawa kembali ke markas gerakan itu di Lubang Buaya. Kemudian, tubuh dan orang-orang dari rekan-rekannya dibunuh tersembunyi di sebuah sumur tua. Mayat ditemukan pada tanggal [[4 Oktober]], dan semua diberi pemakaman kenegaraan pada hari berikutnya. PanjaitanPandjaitan mendapat promosi anumerta sebagai Mayor Jenderal dan diberi gelar Pahlawan Revolusi.
