Theodora diduga lahir pada sekitar tahun 1180/5 di [[Konstantinopel]] dari orangtuaorang tua yang identitasnya tidak diketahui. Akan tetapi, diketahui bahwa salah satu neneknya adalah putri [[Kaisar Romawi Timur]]<ref>Continuatio Admuntensis 1203, MGH SS IX, p. 590, which refers to her as "''Constantinopolitani imperatoris ex filia neptem''"</ref>. Oleh karena itu, Theodora kemungkinan adalah putri [[John Doukas]] (putra ''Andronikos Angelos'')<ref>''ES'' II 179</ref> atau putri dari salah satu putri-putri ''Andronikos Angelos'''<ref name="fmg.ac"/>.
