Tahap 1 (Lebak Bulus–Bundaran HI) didanai pinjaman lunak dari [[Badan Kerjasama Internasional Jepang|JICA ''(Japan Internasional Cooperation Agency)'']] dengan tenor pinjaman 30 tahun dan masa tenggang 10 tahun dimana pembayaran pertama dilakukan 10 tahun setelah penandatanganan perjanjian pinjaman sampai 30 tahun setelahnya. Tingkat bunga yang dikenakan sebesar 0.25% per tahun. <ref>https://industri.kontan.co.id/news/foke-pembangunan-fisik-mrt-harus-kelar-tahun-2016</ref>
Tahap 2 (Bundaran HI–Kampung bandanBandan) didanai dengan skema serupa namun tenor 40 tahun dan juga dengan masa tenggang 10 tahun. Pencairan pertama pinjaman dikenakan bunga 0,1% per tahun<ref>{{Cite web|url=https://finance.detik.com/infrastruktur/d-4275778/mengintip-skema-pembayaran-utang-pembangunan-mrt-jakarta|title=Mengintip Skema Pembayaran Utang Pembangunan MRT Jakarta|last=Simorangkir|first=Eduardo|website=detikfinance|access-date=2019-03-11}}</ref>. Pendanaan tahap 2 ini memuat sebagian kecil dari kekurangan anggaran tahap 1, yang disebabkan antara lain dengan adanya pemutakhiran peraturan pemerintah mengenai pencegahan dampak gempa bumi.<ref>{{Cite web|url=https://finance.detik.com/infrastruktur/d-4275778/mengintip-skema-pembayaran-utang-pembangunan-mrt-jakarta|title=Mengintip Skema Pembayaran Utang Pembangunan MRT Jakarta|last=Simorangkir|first=Eduardo|website=detikfinance|access-date=2019-03-11}}</ref>
=== Pembangunan ===
Kemajuan tahap pertama didanai melalui pinjaman oleh Bank Nara yg so tau Jepang untuk Kerjasama Internasional (''Japan Bank for International Cooperation'', JBIC), sekarang bergabung ke Japan International Cooperation Agency ([[JICA]]). Jumlah pinjaman IP adalah 536 (ditandatangani November 2006) untuk jasa rekayasa. Pinjaman jasa rekayasa adalah pinjaman pra-konstruksi untuk mempersiapkan tahap konstruksi. Terdiri dari:
* Paket desain dasar, dikelola oleh Ditjenka (Direktorat Jenderal Perkeretaapian, Departemen Perhubungan)
* Manajemen dan paket Operasi, dikelola oleh Bappeda (Badan Perencanaan Pembangunan Daerah Jakarta)
