Pemilu berikut sebagai anggota dewan kota Ben Bella menjadi anggota pendiri dari sebuah organisasi bawah tanah berjanji untuk melawan kekuasaan kolonial, yang dikenal sebagai Organisasi Speciale. Ini adalah pendahulu langsung dari [[Front de Libération Nationale]]. Ditangkap pada tahun [[1951]] dan dihukum delapan tahun penjara Ben Bella melarikan diri dari penjara Blida, membuat perjalanan ke [[Tunisia]] dan kemudian [[Mesir]].
Pada pecahnya [[Perang Aljazair]] pada tahun [[1954]] Ben Bella yang berbasis di [[Kairo]] tempat ia menjadi salah satu dari sembilan anggota Komite Revolusioner Persatuan dan Aksi yang dipimpin Front Pembebasan Nasional (FLN). Ia ditangkap oleh [[PerancisPrancis]] pada tahun [[1956]], setelah pesawatnya telah kontroversial dicegat dan dibawa ke Prancis, dan dirilis pada tahun [[1962]]. Penangkapan menyebabkan pengunduran diri [[Alain Savary]], bertentangan dengan kebijakan [[Guy Mollet]] itu. Sementara di penjara ia terpilih sebagai wakil perdana menteri pemerintahan sementara Aljazair. Bahasa pertama Ben Bella adalah PerancisPrancis, bukan Arab [kutipan diperlukan]. Dia belajar bahasa Arab di penjara sementara. Sementara di Mesir, Ben Bella bertemu dengan [[Presiden Mesir]], [[Gamal Abdul Nasser]]. Ketika [[Gamal Abdul Nasser|Nasser]] membawa Ben Bella untuk berbicara untuk pertama kalinya kepada audiens [[Mesir]], ia berlinang air mata karena ia tidak bisa [[bahasa Arab]]. Ia mengatakan bahwa ia menolak untuk mengajarkan putrinya sendiri Bahasa Prancis karena dia ingin belajar [[bahasa Arab]] dan tidak berada dalam posisi yang sama sepertinya. Seperti militan Arab selama itu, ia akan datang untuk menjelaskan dirinya sebagai [["Nasserist"]] dan hubungan dekat dikembangkan untuk [[Mesir]] bahkan sebelum kemerdekaan tercapai. Materi [[Gamal Abdul Nasser|Nasser}]], dukungan emosional dan politik dari gerakan [[Aljazair]] akan datang menyebabkan dia kesulitan, karena memainkan peran utama dalam pilihan [[Prancis]] untuk berperang dengan dirinya selama [[Krisis Suez 1956]].
