Struktur organisasi Masyumi terdiri dari Dewan Pimpinan Partai dan Majelis Syuro. Dewan Pimpinan Partai bertindak sebagai lembaga eksekutif yang membuat pernyataan politik dan memutuskan kebijakan partai. Majelis Syuro merupakan lembaga penasehatpenasihat yang berperan untuk memberi nasehatnasihat dan fatwa kepada Dewan Pimpinan Partai perihal langkah apa yang akan diambil oleh partai secara garis besar. Susunan kepengurusan pimpinan partai didominasi oleh para politisi yang berlatar belakang pendidikan Barat. Di sisi lain, Majelis Syuro didominasi oleh para ulama, terutama para pemimpin organisasi Islam, seperti [[Hasyim Asyari|K.H. Hasyim Asyari]] dan [[Wahid Hasyim|K.H. Wahid Hasyim]] dari [[Nahdlatul Ulama]], dan [[Ki Bagus Hadikusumo]] dari [[Muhammadiyah]]. Masuknya unsur-unsur organisasi dalam Masyumi sebagai anggota istimewa berperan besar dalam peningkatan anggotanya, terutama dari kalangan umat Islam.{{sfn|Siregar|2013|p=91}}
