Ibu kota berikutnya dibangun di daerah yang disebut Yasodharapura. Salah satu dari mereka adalah [[Angkor Thom]], yang berpusat di kuil [[Bayon]] yang dibangun oleh Raja Jayawarman VII (1181-1218 M).
Pada tahun 1352, Raja [[Ramathibodi I|U Thong]] (juga dikenal sebagai [[Ramathibodi I]] dari [[Kerajaan Ayutthaya]]) mengepungnya. Ayutthaya sukses merebut kota tersebut pada tahun berikutnya dalam merebut kota tersebut, menempatkan salah satu dari pangeran mereka di atas takhta. Pada tahun 1357 Khmer merebutnya kembali.<ref name="Coedes">{{Cite book|title=The Indianized States of Southeast Asia|last=Coedès|first=George|publisher=University of Hawaii Press|others=trans.Susan Brown Cowing|year=1968|isbn=978-0-8248-0368-1|editor-last=Walter F. Vella|author-link=George Coedès}}</ref>{{Refpage|236}} Angkor Thom disergap dan ditelantarkan pada abad ke-15 oleh Raja [[Borommaracha II|Borommarachathirat II]] dari Ayutthaya.<ref>{{Cite web|url=http://www.japantimes.co.jp/culture/2007/09/23/books/yasodharapura-revived-in-literature/#.UYSIKZG9KK0|title=Yasodharapura, revived in literature|last=Donald Richie|date=23 September 2007|website=The Asian Bookshelf|publisher=The Japan Times|access-date=4 May 2013}}</ref>
