Kontroversi timbul pada pemakaman dan [[perkawinan Shinto|perkawinan]] para anggota keluarga Kekaisaran Jepang, saat mereka menghadirkan penggabungan Shinto dan fungsi negara. Perbendaharaan Jepang tak membayar acara-acara tersebut, yang menyajikan kekhasan antara fungsi negara dan kuil.<ref name="Beckford" />{{rp|703}}
[[Asosiasi Kuil Shinto]] secara politik aktif dalam mendorong dukungan untuk Kaisar,<ref name="Beckford" />{{rp|706}} termasuk kampanye-kampanye seperti menyebarkan [[amuletjimat]]-amuletjimat dari [[Kuil Ise]].<ref name="Breen">{{cite journal|last1=Breen|first1=John|title=Resurrecting the Sacred Land of Japan: The State of Shinto in the Twenty-First Century|journal=Japanese Journal of Religious Studies|date=1 July 2010|url=https://www.highbeam.com/doc/1P3-2217777591.html|accessdate=3 January 2016}}{{subscription needed|via=[[HighBeam Research]]}}</ref> Kuil Ise adalah salah satu kuil paling penting dalam Shinto negara, melambangkan keberadaan Amaterasu dan hubungan dengan Kaisar.<ref name="Loo">{{cite journal|last1=Loo|first1=Tze M.|title=Escaping its past: recasting the Grand Shrine of Ise|journal=Inter-Asia Cultural Studies|date=September 2010|volume=11|issue=3|pages=375–392|doi=10.1080/14649373.2010.484175|url=http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&db=a9h&AN=53155572&site=ehost-live|accessdate=4 January 2016|issn=1469-8447|postscript={{subscription needed|via=[https://www.ebsco.com EBSCO]'s Academic Search Complete}}}}</ref> Sebaliknya, [[Kuil Yasukuni]] era Meiji kemudian menjadi target kontroversi Shinto negara, kebanyakan karena membiarakan para penjahat perang Jepang.<ref name="Loo" />
Para politikus konservatif dan kelompok kepentingan nasionalis masih mengadvokasikan pengembalian Kaisar ke posisi keagamaan dan politik utama, yang mereka yakini akan merestorasi esensi nasional dari persatuan.<ref name="Shibata" />{{rp|428}}<ref name=Okuyama />
