Belum diketahui secara pasti asal muasal penamaan Gunungsitoli. Tapi referensi yang ditemukan dari sebuah buku yang ditulis seorang pastor yang mendirikan Museum Pusaka Nias, disebutkan nama Gunungsitoliy diberikan oleh para pedagang yang berasal dari Indocina daratan Asia. Kelak, para pedagang inilah yang disebut-sebut nenek moyang orang Nias. Merujuk secara harfiah, jelas kata Gunungsitoli berasal dari kata Gunung dan kata Sitoli. Gunung berarti tanah yang tinggi (berbukit) dan Sitoli berasal dari nama orang yang berdiam di bukit dekat rumah sakit (daerah Onozitoli sekarang).
