Sebelum wafat, Muhammad Sani wafatsempat berobat di [[JakartaSingapura]] karena sakit yang diderita, kemudian beliau mendapat undangan dari Istana Negara untuk menghadiri rapat bersama Presiden [[Joko widodo]]. Setelah rapat, Muhammad Sani dilarikan ke Rumah Sakit Abdi Waluyo [[Jakarta]] dan akhirnya menghembuskan nafas terakhir pada [[8 April]] [[2016]] sekitar pukul 15.00 WIB.<ref>[http://www.beritasatu.com/nasional/359069-gubernur-kepulauan-riau-meninggal-dunia.html Gubernur Kepulauan Riau Meninggal Dunia]</ref>
