Fischer belajar di Universitas Strasbourg pada tahun 1872 dan mendapatkan gelar doktor pada tahun 1874. Ia berkonsentrasi di bidang kimia organik, khususnya tentang senyawa aktif pada kopi, kelapa, teh, yakni kafeina dan teobromin. Ia mendirikan susunan rangkaian senyawa di bidang ini, akhirnya disintesis.
Namun, karyanya yang paling terkenal adalah pada purin dan gula. Antara tahun 1882-1906 ia menunjukkan melalui penelitiannya bahwa sejumlah senyawa kimia, yang belum dikenal saat itu, seperti adenin, xantin, kafeina, asam urat dan guanin semuanya milik keluarga yang homogen, dan bisa diturunkan dari situ. Senyawa induk tersebut, yang awalnya dianggap hipotetik, disebutnya purin pada tahun 1884, dan disintesis pada tahun 1898.
