Mitsukuni menulis ''[[Buku Besar Sejarah Jepang]]'' (''Dai Nihon shi'') yang membandingkan kaisar-kaisar yang memerintah Jepang dengan dinasti-dinasti yang ada di [[Tiongkok]]. Isi buku ini membangkitkan rasa nasionalisme Jepang di tahun-tahun terakhir [[Keshogunan Tokugawa]].
Pada usia 27 tahun, Mitsukuni menikah dengan putri kedua dari kepala penasehat kaisar (''Kanpaku'') yang bernama [[Konoe Nobuhiro]]. Pada tahun [[1661]], Mitsukuni yang berusia 34 tahun diangkat sebagai daimyo wilayah ''han'' Mito (sekarang disebut [[Prefektur Ibaraki]] anddan [[Prefektur Tochigi]]). Pada usia 63 tahun, Mitsukuni menjadi pejabat tinggi istana setelah diangkat kaisar menjadi [[Chunagon]]. Jabatan tersebut setara dengan deputi menteri keuangan (bahasa Jepang: ''Komon'') di zaman [[dinasti Tang]]. Panggilan kehormatan Mitsukuni adalah Mito Komon (penguasa wilayah ''han'' Mito sekaligus pemangku jabatan ''Komon'').
Pada tahun 1691, Tokugawa MitsukuniSetelah mengundurkan diri ke rumah peristirahatan bernama Seizanso,tempatpada menghembuskantahun nafas[[1691]], terakhirMitsukuni 10 tahun kemudianwafat di usia 73 tahun pada tahun [[1701]]. Mitsukuni hanya memiliki seorang anak laki-laki yang memakai nama keluarga Matsudaira. Pewaris Mitsukuni adalah anak angkat dari kakak kandungnya yang bernama [[Tokugawa Tsunaeda]].
Tokugawa Mitsukuni meninggalkan satu orang anak laki-laki yang menggunakan nama keluarga Matsudaira. Pewaris Tokugawa Mitsukuni adalah [[Tokugawa Tsunaeda]] yang merupakan anak angkat dari kakak kandungnya sendiri.
