Asam deoksiribonukleat: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
Baris 51:
|}
<div style="border: none; width:282px;"><div class="thumbcaption">Atas, pasangan basa '''GC''' dengan tiga [[ikatan hidrogen]]. Bawah, pasangan basa '''AT''' dengan dua ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen non-kovalen ditunjukkan oleh garis putus-putus.</div></div></div> Dua jenis pasangan basa mempunyai jumlah ikatan hidrogen yang berbeda. Pasangan AT memiliki dua ikatan hidrogen, sedangkan pasangan GC memiliki tiga ikatan hidrogen. DNA yang mengandung pasangan basa GC yang tinggi lebih stabil daripada DNA berpasangan basa GC rendah.
Sebagaimana telah disebutkan di atas, kebanyakan molekul DNA ditemukan dalam keadaan unting ganda yang berikatan secara non-kovalen dan berbentuk heliks. Struktur unting ganda ini ('''dsDNA''', ''double-stranded DNA'') utamanya distabilkan oleh interaksi tumpukan basa intra-unting. Interaksi yang terkuat ada pada tumpukan G dengan C. Kedua unting tersebut dapat dipisahkan menjadi dua molekul DNA unting tunggal ('''ssDNA''', ''single-stranded DNA'') melalui proses yang dinamakan ''peleburan'' DNA. Peleburan terjadi pada temperatur tinggi, kadar garam yang reandah, dan nilai pH yang tinggi (DNA juga melebur pada nilai pH rendah, tetapi dikarenakan DNA tidak stabil akibat depurinasi asam, peleburan pH rendah jarang digunakan).
Stabilitas dsDNA tidak hanya bergantung pada kandungan GC (% pasangan basa G,C) DNA, namun juga tergantung pada urutan basa (tumpukan basa) dan panjang molekul DNA tersebut (molekul yang lebih panjang lebih stabil). Oleh sebab itu, kekuatan ikatan antar dua unting DNA ditentukan oleh persentase pasangan basa GC dan keseluruhan panjang heliks ganda DNA. Heliks DNA yang panjang dengan kandungan GC yang tinggi memiliki interaksi antar-unting yang lebih kuat; sebaliknya heliks DNA yang pendek dengan kandungan AT yang tinggi memiliki interaksi antar-unting yang lebih lemah.<ref>{{cite journal | author = Chalikian TV, Völker J, Plum GE, Breslauer KJ | title = A more unified picture for the thermodynamics of nucleic acid duplex melting: A characterization by calorimetric and volumetric techniques | journal = Proc Natl Acad Sci USA | volume = 96 | issue = 14 | pages = 7853–8 | year = 1999 | pmid = 10393911 | pmc = 22151 | doi = 10.1073/pnas.96.14.7853 | bibcode = 1999PNAS...96.7853C }}</ref> Dalam proses biologis, bagian heliks ganda DNA yang perlu dipisahkan dengan mudah seperti [[kotak Pribnow]] TATAAT pada beberapa [[promotor]] cenderung memiliki kandungan AT yang tinggi.<ref>{{cite journal | author = deHaseth PL, Helmann JD | title = Open complex formation by Escherichia coli RNA polymerase: the mechanism of polymerase-induced strand separation of double helical DNA | journal = Mol Microbiol | volume = 16 | issue = 5 | pages = 817–24 | year = 1995 | pmid = 7476180 | doi = 10.1111/j.1365-2958.1995.tb02309.x }}</ref>
Stabilitas DNA dapat diukur melalui berbagai cara; umumnya stabilitas DNA diukur berdasarkan temperatur lebur DNA (disebut juga nilai ''T<sub>m</sub>''), yakni temperatur di mana 50% molekul DNA unting ganda melebur menjadi molekul DNA unting tunggal. Temperatur lebur ini bergantung pada kekuatan ionik dan konsentrasi DNA. Ketika seluruh pasangan basa dalam heliks ganda DNA melebur, kedua unting DNA akan terpisah sebagai dua molekul yang independen. Unting-unting tunggal DNA ini tidak memiliki bentuk tunggal yang sama, walaupun beberapa konformasi lebih stabil daripada konformasi lainnya.<ref>{{cite journal | author = Isaksson J, Acharya S, Barman J, Cheruku P, Chattopadhyaya J | title = Single-stranded adenine-rich DNA and RNA retain structural characteristics of their respective double-stranded conformations and show directional differences in stacking pattern | journal = Biochemistry | volume = 43 | issue = 51 | pages = 15996–6010 | year = 2004 | pmid = 15609994 | doi = 10.1021/bi048221v }}</ref>
== Fungsi biologis ==
| |||