Museum Wayang memamerkan berbagai jenis dan bentuk wayang dari seluruh Indonesia, baik yang terbuat dari kayu dan kulit maupun bahan-bahan lain. Wayang-wayang dari luar negeri ada juga di sini, misalnya dari [[ChinaRepublik Rakyat Tiongkok|Tiongkok]] dan [[Kamboja]]. Hingga kini Museum Wayang mengkoleksi lebih dari 4.000 buah wayang, terdiri atas [[Wayang kulit|wayang kulit]], [[Wayang golek|wayang golek]], [[Wayang kardus|wayang kardus]], [[Wayang rumput|wayang rumput]], [[Wayang janur|wayang janur]], [[Topeng|topeng]], [[Boneka|boneka]], [[wayang beber]] dan [[Gamelan|gamelan]]. Umumnya boneka yang dikoleksi di museum ini adalah boneka-boneka yang berasal dari Eropa meskipun ada juga yang berasal dari beberapa negara non-Eropa seperti Thailand, Suriname, CinaTiongkok, Vietnam, India dan Kolombia.
Selain itu secara periodik disenggelarakan juga pagelaran wayang pada minggu 2 dan ke 3 setiap bulannya.
