* [[21 November]] [[2007]] - serpihan sayap sebesar 40cm x 50cm dari Boeing 737-400 Batavia Air (BTV 207 jurusan Jakarta-Pontianak) lepas ketika lepas landas dari Jakarta. Pesawat kemudian mendarat darurat.
* [[27 Februari]] [[2009]] - pesawat Boeing 737-300 jurusan Jakarta-Pontianak mengalami kerusakan alat navigasi dan nyaris mendarat di [[Ketapang]]<ref name="nyasar">[http://www.detiknews.com/read/2009/02/28/112009/1091974/10/bandara-supadio-benarkan-batavia-air-nyasar-ke-ketapang "Bandara Supadio Benarkan Batavia Air Nyasar ke Ketapang"], ''Dettikcom'', 28 Februari 2009</ref>
* [[30 Maret]] [[2009]] - pesawat Boeing 737-300 jurusan Jakarta-Surabaya-Mataram mengalami kerusakan mesin dan mendarat di [[Semarang]]<ref name="nyasar">[http://www.detiknews.com/read/2009/03/30/231355/1107443/10/batavia-ada-indikasi-kerusakan-mesin-yang-dilihat-pilot"], ''Dettikcom'', 30 Maret 2009</ref>
* [[13 Februari]] [[2010]] - pesawat Boeing 737-200 jurusan surabaya-makassar-gorontalo mengalami kerusakan ban belakang sebelah kiri pecah saat pesawat hendak melintas dari ''runway'' 10 menuju ''runway'' 28
* [[25 Februari]] [[2010]] - pesawat Boeing 737-300 jurusan berau-balikpapan mengalami kerusakan ban yang tipis
* [[16 Februari]] [[2010]] - pesawat Boeing 737-300 jurusan malang-jakarta mengalami kerusakan kaca depan yang retak saat take off
* [[15 Juli]] 2010 - Pesawat Airbus A320 jurusan [[Pekanbaru]] - [[Jakarta]] mendarat darurat di Pekanbaru karena kerusakan sistem keseimbangan pesawat.<ref>{{cite news|url=http://berita.liputan6.com/daerah/201007/286506/Batavia.Air.Mendarat.Darurat |title=Batavia Air Mendarat Darurat |publisher=Liputan 6 |date=2010-07-16}}{{cite news|url=http://us.detiknews.com/read/2010/07/15/232409/1400376/10/kru-pesawat-sampaikan-ada-kerusakan-di-center-of-gravity?n991102605 |title=Kru Pesawat Sampaikan Ada Kerusakan di Center of Gravity |publisher=detikNews |date=2010-07-15}}</ref> Tidak ada korban jiwa.
* [[30 Maret]] [[2012]] - Pesawat dengan jurusan [[Jakarta]] - [[Pekanbaru]] tergelincir pada saat mendarat dan tidak ada korban jiwa.<ref>[http://www.republika.co.id//berita/nasional/nusantara-nasional/12/03/30/m1oxwy-tergelincir-penumpang-batavia-air-berhasil-dievakuasi Republika]</ref><ref>[http://www.mediaindonesia.com/read/2012/03/30/309493/126/101/Batavia-Air-Tergelincir-12-Jadwal-Penerbangan-Terganggu Media Indonesia]</ref><ref>[http://nasional.vivanews.com/news/read/300569-batavia-tergelincir-di-pekanbaru Vivanews]</ref><ref>[http://news.detik.com/read/2012/03/30/161236/1881303/10/bantah-tergelincir-di-pekanbaru-batavia-air-ada-masalah-technical-di-sayap?9922022 detik.com]</ref><ref>[http://www.indonesiarayanews.com/index.php?option=com_content&view=article&id=6787:lagi-batavia-air-tergelincir-di-pekanbaru&catid=100:nusantara-news&Itemid=657 Indonesiarayanews.com]</ref><ref>http://www.starberita.com/index.php?option=com_content&view=article&id=55257:batavia-air-tergelincir-di-bandara-pekanbaru&catid=170:umum&Itemid=774</ref>
