Pada awal pembentukannya, 99% kepemilikan PT LI dipegang oleh PSSI sementara sisa 1%-nya dimiliki oleh Yayasan Sepak Bola Indonesia When I'm 64 yang dimiliki oleh [[Nirwan Bakrie]]. Berdasarkan amanat Kongres PSSI II di [[Bali]], 99% saham akan diberikan kepada klub-klub peserta LSI dan sisa 1%-nya menjadi milik PSSI. Pada [[rapat umum pemegang saham|RUPS]] tanggal 27 Oktober 2011, amanat tersebut diselenggarakan dan klub-klub peserta LSI menjadi pemegang saham mayoritas PT LI.
