Menjelang usia sekolah, ia mengikuti keluarganya pindah ke [[Banjarnegara]], [[Jawa Tengah]]. Di kota inilah Sandyawan menamatkan sekolah dasarnya. Ketika ia baru saja duduk di bangku SMP, ayahnya dipindahkan lagi ke Bantul. Akhirnya, di sinilah ia menamatkan SMP-nya.
Selepas SMP, atas pilihannya sendiri, Sandyawan kemudian meneruskan pelajarannya ke [[Seminari Petrus Kanisius Mertoyudan|Seminari Menengah Santo Petrus Kanisius]], Mertoyudan, [[Magelang]]. Setelah lulus dari [[Seminari Petrus Kanisius Mertoyudan|Seminari Menengah Santo Petrus Kanisius]], Mertoyudan, [[Magelang]], ia pun memutuskan untuk masuk kuliahSerikat keJesus di Novisiat St Stanislaus, Girisonta, Ungaran. Dua tahun pendidikan di Novisiat ia meneruskan pendidikan di STF Driyarkara, Jakarta, lalu menjalani 2 tahun Tahap Orientasi Kerasulan (TOK). Usai TOK ia meneruskan pendidikan calon imam di [[Seminari|Seminari Tinggi]] Fakultas Teologi Wedabhakti (FTW) dan bertempat tinggal di Kolese St Ignatius (Kolsani), keduanya di Yogyakarta.
Atas kegiatannya menyertai mereka yang dimarjinalkan, Pastor [[Yesuit]] yang ditahbiskan pada tahun 1988 di Gereja Purbayan Solo ini, sering berhadapan dengan aparat keamanan. Ia pernah ditahan di Kodim Jakarta Timur, dilempar kursi oleh aparat saat membantu masyarakat di daerah Pedongkelan, Jakarta yang digusur dan rumah-rumahnya dibakar. Ketika berada di Yogyakarta, ia pun aktif membina para tukang becak serta membantu biarawan dan budayawan [[Yusuf Bilyarta Mangunwijaya]], [[Projo|Pr.]] (Romo [[Yusuf Bilyarta Mangunwijaya|Mangun]]) dalam mendampingi masyarakat yang tergusur karena tanahnya dipergunakan untuk proyek pembangunan waduk [[Kasus Kedung Ombo|Kedung Ombo]].
