[[Alex]], [[Marty]], [[Melman]], dan [[Gloria]] berhasil kabur dari [[Central Park Zoo]] dikarenakan merasa terpenjara disana. Mereka pun memutuskan ke [[Madagascar]] karena menurut mereka tempat tersebut adalah tempat untuk menikmati kebebasan, namun rupanya mereka menjadi asing dengan kehidupan liar karena harus berjuang keras menyesuaikan dengan kehidupan disana. Berbeda dengan di kebun binatang yang dimana segalanya telah tersedia. Akhirnya mereka berniat untuk kembali ke kebun binatang di [[New York]]. Untungnya mereka menemukan [[pesawat]] terbang tua yang terdampar tetapi masih dapat diterbangkan. Sayangnya, pesawat terbang tersebut terpaksa mendarat darurat di [[Afrika]] karena mesin yang rusak. Menurut para [[penguin]] yang menerbangkan pesawat, dibutuhkan enam hingga sembilan [[bulan]] untuk memperbaiki pesawat. Sementara itu, ayah Alex yang mengetahui anaknya sudah pulang, Ayah Alex terkejut sekaligus senang, ibunya juga. Kemudian waktu upacara pendewasaaan, [[Makunga]] membujuk [[Alex]] untuk melawan singa bertaring pedang bernama [[Teetsi]], akhirnya [[Alex]] kalah. Sementara yang lain sibuk dengan urusan masing-masing, ada beberapa orang yag terjebak di [[Madagascar]] juga. Mereka mengeringkan sungai. Raja [[Julien]], [[Maurice]] dan [[Mort]] melakukan hal yang aneh, yaitu mempersembahkan Mort di gunung berapi.Semua percaya kecuali Alex. Dia memutuskan untuk pergi dan mencari tahu. nasibnya, ia dan ayahnya ditangkap. Beruntung Alex kemudian menari. Dia dan ayahnya selamat. Lalu dia merusak penyumbat sungainya sambil membawa nenek tua yang suka marah-marah pergi. [[Mort]] dikejar, dan beruntung ikan hiu itu yang masuk ke lava. Raja Julien kira caranya sukses, tapi tidak. Lalu air mengalir. Alex dan ayahnya sekarang menjebak Makunga, dan Makunga dibawa pergi nenek tua itu sambil dijewer. Akhirnya mereka memutuskan tinggal di [[Madagascar]].
