Heterolobosea (Percolozoa) dan Euglenozoa nampaknya berhubungan dan disatukan oleh keberadaan krista diskoid dalam mitokondrianya (Superfilum '''Discicristata'''). Baru-baru ini hubungan erat telah ditunjukkan antara Discicristata dan Jakobida <ref>{{cite journal | url=http://www.cell.com/current-biology/retrieve/pii/S0960982207017162 | title=Toward Resolving the Eukaryotic Tree: The Phylogenetic Positions of Jakobids and Cercozoans | author=Naiara Rodríguez-Ezpeleta, Henner Brinkmann, Gertraud Burger, Andrew J. Roger, Michael W. Gray, Hervé Philippe, and B. Franz Lang | doi=10.1016/j.cub.2007.07.036| journal=Curr. Biol. | date=August 2007 | volume=17 | issue=16 | pages=1420-1425 | pmid=17689961}}</ref>. Kebanyakan jakobida berkrista tubuler, seperti kebanyakan protista lain, sedangkan metamonada tidak biasa karena kehilangan mitokondria klasiknya; sebagai gantinya, mereka memiliki 'hidrogenosom', 'mitosom' atau organel tak berciri. Selain grup pada tabel diatas, genus ''[[Malawimonas]]'' umumnya dianggap sebagai anggota Excavata karena morfologi excavatanya yang khas dan keterkaitan filogenetis dengan grup-grup excavata pada beebrapa filogeni molekuler. namun, kedudukannya diantara excavata belum dipahami.
kekerabatan excavata belum pasti; mungkin mereka bukan kelompok yang [[monofiletik]]. kemonofiletikan excavata jauh dari kejelasan, meskipun kelihatannya ada beberapa klad dalam excavata yang monofiletik.<ref>{{cite journal | url = http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=1713255 | title = Evaluating Support for the Current Classification of Eukaryotic Diversity | author = Laura Wegener Parfrey, Erika Barbero, Elyse Lasser, Micah Dunthorn, Debashish Bhattacharya, David J Patterson, and Laura A Katz | doi = 10.1371/journal.pgen.0020220 | journal = PLoS Genet. |date=December 2006| volume = 2 | issue = 12 | pages = e220 | pmid = 17194223 }}</ref>
