Pada [[20 Juli]] [[1998]] PKS berdiri dengan nama awal '''Partai Keadilan''' (disingkat '''PK''') <ref> {{id}} [http://www.pkskotajambi.org/?ke=2&pilih=artikel&id=2 Sejarah PKS dari situs resmi PKS DPD [[Jambi]] ]</ref> dalam sebuah konferensi pers di Aula [[Masjid Al-Azhar]], [[Kebayoran Baru]], Jakarta. Presiden (ketua) partai ini adalah [[Nurmahmudi Isma'il]].
Pada [[20 Oktober]] [[1999]] PK menerima tawaran kursi kementerian Kehutanan dan Perkebunan (Hutbun) dalam kabinet pemerintahan KH [[Abdurrahman Wahid]], dan menunjuk [[Nurmahmudi Isma'il]] (saat itu presiden partai) sebagai calon menteri. Nurmahmudi kemudian mengundurkan diri sebagai presiden partai dan digantikan oleh [[Hidayat Nur Wahid]] yang terpilih pada [[21 Mei]] [[2000]]. Pada [[3 Agustus]] [[2000]] Delapan partai Islam (PPP, PBB, PK, Masyumi, PKU, PNU, PUI, PSII 1905) menggelar acara sarasehan dan silaturahmi partai-partai Islam di [[Masjid Al-Azhar]] dan meminta [[Piagam Jakarta]] masuk dalam [[Amandemen UUD 1945]].
Akibat [[UU Pemilu Nomor 3 Tahun 1999]] tentang syarat berlakunya batas minimum keikut sertaan parpol pada pemilu selanjutnya (''electoral threshold'') dua persen, maka PK harus merubah namanya untuk dapat ikut kembali di Pemilu berikutnya. Pada [[2 Juli]] [[2003]], Partai Keadilan Sejahtera (PK Sejahtera) menyelesaikan seluruh proses [[verifikasi]] Departemen Kehakiman dan HAM (Depkehham) di tingkat Dewan Pimpinan Wilayah (setingkat Propinsi) dan Dewan Pimpinan Daerah (setingkat Kabupaten/Kota). Sehari kemudian, PK bergabung dengan PKS dan dengan penggabungan ini, seluruh hak milik PK menjadi milik PKS, termasuk anggota dewan dan para kadernya. Dengan penggabungan ini maka PK (Partai Keadilan) resmi berubah nama menjadi '''PKS (Partai Keadilan Sejahtera)'''.
Setelah [[Pemilu 2004]], [[Hidayat Nur Wahid]] (Presiden PKS yang sedang menjabat) kemudian terpilih sebagai ketua [[MPR]] masa bakti 2004-2009 dan mengundurkan diri dari jabatannya sebagai Presiden PK Sejahtera. Pada Sidang Majelis Syuro I PKS pada 26 - 29 Mei 2005 di Jakarta, [[Tifatul Sembiring]] terpilih menjadi Presiden PK Sejahtera periode 2005-2010.
