Sejak awal kedinasannya, KRL ini berdinas di seluruh lintas di Jabodetabek, namun KRL ini lebih sering berdinas di Bogor, Bekasi, dan juga lintas Serpong-Parungpanjang, meskipun saudaranya seri 1000 lebih sering melayani lintas Bekasi. Setelah penyeragaman layanan KRL (dimana layanan Ekspres dihapuskan dan layanan Commuter Line yang pada dasarnya sama seperti Ekonomi AC dijadikan layanan standar untuk KRL di Jabodetabek), KRL ini melayani perjalanan Commuter Line di semua lintasan Jabodetabek.
Seiring dengan menuanya kereta ini, rangkaian 5816F5016F pun pensiun pertama kali pada tahun 2014 untuk menjadi sumber suku cadang mengingat kondisi KRL yang tua menyebabkan KRL ini tidak luput dari kanibalisasi komponen dan suku cadang. Sejak 2015, biasanya KRL ini juga lebih sering beroperasi di jalur Jatinegara-Bogor/Depok mengingat di jalur Bogor/Depok/Bekasi-Jakartakota perannya telah tergeser oleh KRL JR East 205.
Pensiunnya KRL ini berlanjut dengan pensiunnya rangkaian 5809F5009F dan pada akhirnya hanya rangkaian 5817F5017F yang tersisa hingga sekarang. Sebelumnya, rangkaian 5817F5017F sempat menghilang pada bulan September 2019 lalu dan dirumorkan sudah pensiun dari dinasnya di Indonesia, namun ini merupakan kepanikan sesaat karena pada 10 Oktober lalu2019, rangkaian 5817F5017F sudah berdinas kembali dengan roda baru.<ref>{{Cite web|title=【祝！運用復帰！】元東京メトロ5000系67F 大雨のBogor線 乗車記録 / AKHIRNYA KRL Seri 5000 5817F kembali dinas lagi! PIYUTS - YouTube|url=https://www.youtube.com/watch?v=DVIHZZB5Naw&t=32s&app=desktop|website=www.youtube.com|access-date=2020-09-02}}</ref> Akhirnya, karena perannya sudah tergeser oleh KRL JR East 205, dan juga karena usianya sudah tua, 5817F5017F akhirnya berhenti beroperasi pada Januari 2020.<ref>{{Cite web|title=PERJALANAN TERAKHIR KRL Commuter Line TM 5000 Series "PIYUTS" {{!}} Last Run of TM 5817F - YouTube|url=https://www.youtube.com/watch?v=xwuSsEptMV8&t=1187s&app=desktop|website=www.youtube.com|access-date=2020-09-02}}</ref>
