Sepeninggal Trenggana yang memerintah Demak tahun 1521-1546, Raden Mukmin selaku putra tertua naik tahta. Namun, keterampilan berpolitiknya tidak begitu baik, dan ia lebih suka hidupberbakat sebagai ulama daripada sebagai raja. Sebagai pewaris sah Demak, Sunan Prawoto, seharusnya menggantikan kedudukan Sultan Trenggana. TetapiMukmin iamemindahkan diceritakanPusat tidakPemerintahan inginke naikPrawoto. takhta,Masa danini secaradikenal sukareladengan menjadisebutan PriayiDemak Prawoto. Mukmin ataualias SusuhunanSunan diPrawoto wilayah Prawoto,memiliki sebuah pasanggarahan yang digunakan Raja/ Sultan Demak Trenggono selama musim hujan. Hal itulah yang kemudian mempermudah Jaka Tingkir untuk mengambil alih kekuasaan. Oleh karena itu, Raden Mukmin pun terkenal dengan sebutan Sunan Prawoto.
Konflik antara Kadipaten Jipang dan Kadipaten Pajang menimbulkan keresahan di kalangan rakyat. Demi meredam kegaduhan tersebut, Sunan Kudus dipercaya menjadi penengah oleh para raja. Sunan Kudus memiliki wibawa besar karena kedudukannya sebagai salah satu dari Wali Songo, kelompok wali utama penyebar Islam di tanah Jawa. Di samping perannya sebagai Imam Besar Masjid Agung Demak dan Masjid Menara Kudus.
Diceritakan HJ De Graaf dalam ''Awal Kebangkitan Mataram: Masa Pemerintahan Senapati'', Sunan Kudus mengangkat Arya Panangsang, Jaka Tingkir, dan Sunan Prawoto menjadi muridnya. Hal itu dilakukan agar perselisihan di antara ketiganya dapat diredam. Mereka menjadi murid Sunan Kudus yang paling setia.
Namun kemudian keadaan kembali memanas ketika dua murid Sunan Kudus, Jaka Tingkir dan Sunan Prawoto, memilih untuk berguru juga kepada Sunan Kalijaga, salah satu Wali Songo yang ikut menyebarkan Islam di wilayah Jawa. Keputusan itu, kata De Graaf, membuat Sunan Kudus merasa wibawanya tercoreng. Baginya belajar pada dua orang guru, terlebih kepada Sunan Kalijaga, adalah tindakan yang salah.
Perbedaan pendapat antara Sunan Kudus dan Sunan Kalijaga sering kali terjadi. Seperti ketika tahun 1543 keduanya memiliki pandangan berlainan tentang penentuan awal bulan Ramadhan. Sultan Trenggana yang dalam hal ini lebih mendengar Sunan Kalijaga membuat kecewa Sunan Kudus. Akibatnya, Sunan Kudus memutuskan mundur dari jabatannya sebagai Imam Masjid Demak. Tidak lama setelahnya, Sunan Kalijaga diangkat sebagai imam. Ia juga diberi tanah untuk berdakwah di tanah perdikan Kadilangu.
