Protestanisme pertama kali diperkenalkan oleh Belanda pada abad keenam belas, sehingga terpengaruh pada ajaran [[Calvinisme]] dan [[Lutheran]].
Pada tahun 1960-an akibat anti-[[Komunis]] dan anti-[[Konfusianisme]] banyak pengikut [[Komunis]] dandari kalangan orang [[Tionghoa]] dan sebagian [[suku Jawa]] Kejawen mengklaim diri sebagai orang [[Kristen]], akan tetapi banyak bangsa Tionghoa yang akhirnya menerima agama Kristen dan sekarang mayoritas kalangan muda bangsa Tionghoa adalah umat Kristen. Sedangkan pemeluk Kristen di kalangan suku Jawa ada diantara mayoritas umat [[Islam]], baik di [[Jawa Tengah]], [[Yogyakarta]] dan [[Jawa Timur]]. Agama Kristen merupakan agama dengan populasi terbesar kedua di Indonesia sehingga meskipun Indonesia merupakan negara dengan mayoritas beragama Islam, hak warga negara yang beragama Kristen berkedudukan sama dengan warga negara yang beragama Islam (berbeda dengan beberapa negara seperti [[Malaysia]], beberapa [[negara Arab]]) dan negara lainnya. Di provinsi [[Papua]] dan [[Sulawesi Utara]], Protestan merupakan agama mayoritas, sedangkan di [[Nusa Tenggara Timur]] Katolik merupakan agama mayoritas. Jumlah populasi orang Kristen juga ditemukan di sekitar [[danau Toba]] dan [[Kepulauan Nias]] di [[Sumatra Utara]], pedalaman [[Kalimantan]], pedalaman [[Tana Toraja]] dan sebagian wilayah di provinsi [[Maluku]]. Protestan di Indonesia terdiri dari berbagai denominasi, yaitu [[Huria Kristen Batak Protestan]], [[Gereja Pantekosta di Indonesia]], [[Gereja Tiberias Indonesia]]/[[Gereja Bethel Indonesia]], [[Gereja Masehi Advent Hari Ketujuh]], [[Gereja Yesus Sejati]], [[Mennonit]], [[Gereja Metodis]], [[Gereja Baptis]],<!-- [[Gereja Tabernakel Indonesia]],--> [[Gereja Kristen Protestan Simalungun]],<!-- [[Gereja Kristen Rejang]]--> dan denominasi lainnya.
