Jalur dari [[Stasiun Manggarai]] hingga [[Stasiun Bogor]] merupakan segmen yang sudah digandakan. Jalur ini memiliki percabangan di [[Stasiun Citayam|Citayam]] menuju [[Stasiun Nambo|Nambo]].
Jalur ini berkali-kali mendapat musibah tanah longsor, antara lain di [[Terowongan Lampegan]] pada ruas Sukabumi-Cianjur,<ref>{{cite news|url=https://finance.detik.com/ekonomi-bisnis/3012947/sempat-mati-terowongan-rel-kereta-tertua-di-ri-bangkit-lagi|author=Suhendra|title=Sempat 'Mati', Terowongan Rel Kereta Tertua di RI Bangkit Lagi|publisher=Detik Finance|date=8 September 2015|accessdate=13 Agustus 2017}}</ref> dan pada tanggal 21 November 2012 di antara [[Stasiun Citayam]] dan [[Stasiun Cilebut]] di lintas Manggarai-Bogor.<ref>{{cite news|url=https://www.merdeka.com/peristiwa/longsor-cilebut-stasiun-bogor-alami-rugi-rp-128-juta.html|title=Longsor Cilebut, Stasiun Bogor Alami Rugi Rp128 Juta|publisher=Merdeka.com|first=Yulistyo|last=Pratomo|date=22 November 2012|accessdate=13 Agustus 2017}}</ref> Selanjutnya, juga longsor di [[Ciranjang, Cianjur]] hingga rel menggantung.<ref>{{cite news|url=http://jabar.tribunnews.com/2014/03/28/breaking-news-rel-ka-bandung-cianjur-longsor-tergerus-hujan|title=BREAKING NEWS: Rel KA Bandung-Cianjur Longsor Tergerus Hujan|publisher=Tribun Jabar|date=28 Maret 2014|accessdate=13 Agustus 2017}}</ref> Terdapat pula insiden pencurian rel untuk persiapan pembangunan jalur ganda Bogor–Sukabumi yang berada di km 20+600 Lintas [[Stasiun Cigombong|Cigombong]]–[[Stasiun Cicurug|Cicurug]]. Pada 23 Maret 2021, polisi menetapkan 5 tersangka dan menyerah dengan pasal 363 KUHP tentang pencurian dan ancaman hukuman 6 tahun penjara.<ref>{{citenews|url=https://regional.kompas.com/read/2021/03/23/174240778/rel-kereta-api-rute-bogor-sukabumi-dicuri-dijual-ke-tukang-besi|first=Afdhalul|last=Ikhsan|title=Rel Kereta Api Rute Bogor - Sukabumi Dicuri, Dijual ke Tukang Besi|publisher=Kompas.com|date=23 Maret 2021|access-date=24 Maret 2021}}</ref>
