Ancaman lain yang dapat mengganggu ekosistem perairan adalah penggunaan ekosistem perairan sebagai daerah wisata. Penetapan daerah wisata perairan dapat dikatakan sebagai eksploitasi karena apabila daerah wisata tersebut tidak dikelola dengan balk maka akan mengganggu keberadaan organisme yang ada di ekosistem tersebut. Sebagai contoh, daerah wisata pantai di Bali atau wilayah Jakarta bagian utara yang ekosistem alaminya telah terganggu oleh aktivitas manusia yang berlebihan. Kedua pantai tersebut telah tercemar oleh sampah yang dibuang pengunjung tempat wisata tersebut.
== Sungai di Indonesia ==
=== Sungai Kupang ===
Sungai Kupang merupakan bagian dari Satuan Pengelolaan [[Daerah]] Aliran Sungai SWP DAS Pemali Comal. Suangai Kupang memiliki luas wilayah 18.022,193 Ha yang berada di Provinsi Jawa Tengah. Sungai ini melintasi 3 Kabupaten dan 1 Kota, yaitu Kabupaten Pekalongan, Kabupaten Batang, Kota [[Pekalongan]], dan Kabupaten [[Banjarnegara]] yang merupakan Kabupaten terkecil yang dilaui Sungai Kupang. Sungai Kupang juga merupakan sungai yang mengalir di Kota Pekalongan dan termasuk kota yang menerima limbah dari [[industri]] maupun domestik yang sangan mempengaruhi air sungai<ref>{{Cite journal|last=Pohan, D.A.S., Budiyono, dan Syafrudin|first=|date=2016|title=Analisis Kualitas Air Sungai Guna Menentukan Peruntukan Ditinjau Dari Aspek Lingkungan|url=|journal=Jurnal Ilmu Lingkungan|volume=4|issue=2|pages=64|doi=}}</ref>
=== Sungai Wanggu ===
Sungai Wanggu yaitu sungai yang terletak di wilayah Kabupaten Konaweha Selatan dan [[Kota Kendari]], Propinsi Sulawesi Tenggara. Aliran Sungai Wanggu ini melintasi daerah pemukiman penduduk dan tambak dan areal [[pertanian]].<ref>{{Cite journal|last=Sahabuddin, H., Harisuseno,D., dan Yuliani, E.|first=|date=2014|title=Analisis Status Mutu Air dan Daya Tampung Beban Pencemaran Sungai Wanggu Kota Kendari|url=https://jurnalpengairan.ub.ac.id/index.php/jtp/article/download/201/195|journal=Jurnal Teknik Pengairan|volume=5|issue=1|pages=19|doi=}}</ref>
