Dahulu terdapat percabangan jalur [[rel]] menuju [[Pangkalan Udara Iswahyudi]]; dipakai [[Pertamina]] untuk angkutan bahan bakar [[pesawat]]. Selain itu, stasiun ini dilengkapi dengan lintasan rel lori menuju [[Pabrik Gula Purwodadi]] untuk mengangkut [[tebu]] dan [[gula]].
Awalnya stasiunStasiun ini memiliki empat jalur kereta api. denganAwalnya, jalur 2 eksisting merupakan sepur lurus ditambah [[sepur badug]] yang terdapat di sisi tenggara bangunan lama stasiun. Setelah [[jalur ganda]] pada segmen lintas [[Stasiun Babadan|Babadan]]-[[Stasiun Geneng|Geneng]] resmi dioperasikan per 16 Oktober 2019,<ref>{{Cite web|url=https://surabayainsidewww.antaranews.com/berita/1116192/ditjen-perkeretaapian-operasikan-jalur-ganda-dibabadan-geneng-madiun-siap-dilalui-ka/|title=JalurDitjen GandaPerkeretaapian dioperasikan Madiunjalur Siapganda DilaluiBabadan-Geneng KAMadiun|last=Stevani|first=Louis Eka|date=2019-10-1516|website=Surabayainside.com|language=id-IDAntaraNews|access-date=20192020-1005-1614}}</ref> jalur 1 eksisting diubah menjadi jalur 2 yang baru sebagai sepur lurus hanya untuk arah [[Stasiun Madiun|Madiun]], jalur 2 eksisting diubah menjadi jalur 3 yang baru sebagai sepur lurus hanya untuk arah [[Stasiun Solo Balapan|Solo]] saja, jalur 3 eksisting diubah menjadi jalur 4 yang baru, dan jalur 4 eksisting dibongkar. Selain itu, sistem persinyalannya telah diganti dengan sistem persinyalan elektrik. Bangunan lama stasiun beserta [[gudang]] peninggalan ''[[Staatsspoorwegen]]'' sudah dibongkardirobohkan karena terkena perpanjanganpembangunan ulang [[sepur badug]] tersebut menjadi jalur 1 yang baru sehingga digantikan dengan bangunan baru yangberukuran lebih besar<ref>{{citenews|title=Kemenhubyang Bangundibangun Tiga Stasiun Kereta Api|date=26 September 2017|newspaper=Jawa Pos}}</ref> dandi tanah tempat gudang ini berdiri dijadikan lokasi bangunan baru stasiun.<ref>{{Cite web|url=https://radarmadiun.co.id/stasiun-barat-dibongkar-pedagang-tergusur/|title=Stasiun Barat Dibongkar, Pedagang Tergusur|website=Radar Madiun|language=en-US|access-date=2020-02-17}}</ref> Jalur 1 yang baru tersebut diltambahkan percabangan di sisi tenggaranya sebagai sepur badug yang baru. Selain itu, sistem persinyalannya telah diganti dengan sistem persinyalan elektrik.
Nama stasiun ini, yang sebelumnya bernama '''Stasiun Barat (BAT)''', kini berganti per 1 Desember 2019. Usulan ini diajukan sejak bulan Februari 2019 oleh Bupati Magetan, Suprawoto. Di samping itu, Bupati Magetan juga meminta kepada PT KAI untuk memberhentikan lebih banyak kereta api kelas eksekutif dan bisnis di stasiun ini.<ref>{{Cite web|url=http://radarmadiun.co.id/usul-nama-stasiun-barat-diubah-jadi-stasiun-magetan/|title=Usul Nama Stasiun Barat Diubah Jadi Stasiun Magetan {{!}} Radar Madiun|last=admin|language=en-US|access-date=2019-07-29}}</ref><ref>{{Cite web|url=https://madiun.solopos.com/read/20190212/516/971368/bupati-magetan-minta-ka-eksekutif-dan-bisnis-singgah-di-stasiun-barat|title=Bupati Magetan Minta KA Eksekutif dan Bisnis Singgah di Stasiun Barat|last=Media|first=Solopos Digital|website=Madiunpos.com|language=id|access-date=2019-07-29}}</ref><ref>{{Cite web|url=https://suarakumandang.com/rencana-per-1-desember-2019-nama-stasiun-barat-diganti-menjadi-stasiun-magetan/|title=Rencana Per 1 Desember 2019 Nama Stasiun Barat diganti Menjadi Stasiun Magetan|last=redaksiSKI|date=2019-07-18|website=Suara Kumandang|language=id-ID|access-date=2019-11-02}}</ref>
