Marty dilahirkan di [[Bandung]]kota ?, [[Jawa barat]], ia adalah anak termuda dari pasangan Sonson Natalegawa? dan Siti Komariyah Natalegawa?<ref>[http://popbali.com/mengenal-sosok-marty-natalegawa-lebih-dekat/3/ Artikel:"Mengenal Sosok Marty Natalegawa Lebih Dekat" di popbali.com]</ref>. Meskipun ia dilahirkan di Bandung, tetapi ia tidak menghabiskan masa kecil di Bandung, Ayahnya saat itu bekerja sebagai karyawan Bank Indonesia, mendapat tugas ke Tokyokota ?, Jepang. Ia pun ikut ke sana hingga tiga tahun dan setelah bertugas di Jepang, ia menetap di Jakarta<ref>[http://nostalgia.tabloidnova.com/articles.aspkota ?id=10698 Artikel:"DR. R. M. Marty M. Natalegawa, B.Sc., M.Phil." di tabloidnova.com]</ref>.
Dari pernikahannya dengan Sranya Bamrungphong? (dari [[Thailand]]), dia dikaruniai tiga orang anak, yakni Raden Siti Annisa Nadia Natalegawa, Raden Mohammad Anantha Prasetya Natalegawa, dan Raden Mohammad Andreyka Ariif Natalegawa.<ref name="tkh">http://www.tokohindonesia.com. [http://www.tokohindonesia.com/ensiklopedi/m/marty-natalegawa/index.shtml Marty Natalegawa: Dubes Termuda Menuju Puncak]</ref>
