Para adipati Přemyslid akhirnya kehilangan kuasa atas Krnov pada Perang Bohemia-Hungaria pada 1474 ke tangan [[Matthias Corvinus]], anti-raja Bohemia yang berhasil menawan John IV. Setelah kemangkatan John pada 1483, saudarinya Barbara istri adipati Jan IV dari Oświęcim berusaha mengembalikan kuasa atas kadipaten ini. Namun Wladyslaw II yang kemudian menjadi raja Bohemia tidak berkenan untuk mengembalikan, malah menghadiahkan Krnov kepada penasehatnyanya Johann von Schellenberg. Kesepakatan berhasil diraih pada tahun 1492 saat Helena, putri Barbara menikahi George, putra Schellenberg.
Pada tahun 1523, George von Schellenberg terpaksa menjual Krnov kepada margraf [[Wangsa Hohenzollern]] George dari Brandenburg-Ansbach yang bergantung pada warisan Hungaria istrinya Beatrice de Frangepan, janda Matthias Corvinus. Dari 1532, margraf ini kemudian menguasai seluruh [[Dataran tinggi Silesia]], saat ia mewarisi kadipaten[[Kadipaten Opole dan Racibórz]] dari adipati Piast, Jan II. Ia membangun kembali Kastil Krnov dan memperkenalkan [[Reformasi Protestan]] di Silesia, lantas mengusir [[Ordo Teutonik]], [[Fransiskan]] dan [[Konventual]]. Meningkatnya kekuasaan Wangsa Protestan Hohenzollern di tahta Silesia memancing kecurigaan [[Ferdinand I, Kaisar Romawi Suci]] yang menjadi raja Bohemia sejak tahun 1526. Meski demikian, Goerge beserta putranya George Frederik yang memerintah dari tahun 1543 dapat mempertahankan kekuasaan mereka. Konflik memburuk tahun 1603 saat George Frederik mangkat tanpa meninggalkan anak dan mewariskan Krnov kepada sepupunya elektor Joachim III Frederik, yang menyerahkannya kepada putranya [[Johann Georg von Brandenburg]] pada tahun 1607. Penguasa [[Wangsa Habsburg]] menganggap kadipaten tersebut sebagai [[fief]] yang dipulihkan. Setelah [[Pemberontakan Bohemia]] dan [[Pertempuran Gunung Putih]] tahun 1620, [[Ferdinand II, Kaisar Romawi Suci]], menyita harta-benda wangsa Hohenzollern di atas wilayah kekuasaanya di Bohemia.<ref name="Carlyle III">{{Cite book|title=History of Friedrich II of Prussia, Called Frederick the Great|first=Thomas|last=Carlyle|authorlink=Thomas Carlyle|year=1858|volume=Book III|url=http://onlinebooks.library.upenn.edu/webbin/gutbook/lookup?num=2103}}</ref> Pendukung setia Ferdinand, Pangeran Liechtenstein Karl I yang merupakan adipati Opava sejak tahun 1613 menerima kuasa atas Krnov. Kedua kadipaten tersebut kemudian digabungkan pada tahun 1623 dan ditundukkan oleh [[Reformasi Katolik]].
[[Berkas:Silesian principality of Krnov 1736.jpg|thumb|Kepangeranan Krnov, Silesia, peta tahun 1736]]
