Kontroversi muncul ketika penjadwalan tidak adil memaksa beberapa tim untuk bermain dua kali sehari. Sebagian besar tim tidak senang dengan keputusan [[Federasi Bulu Tangkis Dunia]], termasuk [[Tim nasional bulu tangkis Indonesia|tim Piala Uber Indonesia]] yang mengancam untuk keluar dari turnamen karena urusan penjadwalan, memaksa penyelenggara untuk mengubah jadwal.<ref>{{cite news|url=http://thestar.com.my/sports/story.asp?file=/2008/5/11/sports/21219002&sec=sports|title=Be fair to everyone, team managers tell world body|publisher=The Star|date=11-05-2008|accessdate=13-05-2008}}</ref>
Kontroversi lain di turnamen adalah keputusan dari [[Tim nasional bulu tangkis Korea Selatan|tim Piala Thomas Korea]] untuk menyia-nyiakan kedua pertandingan grup mereka untuk mendapatkan lawan yang lebih baik di babak sistem gugur. Mereka kalah 4-14–1 di kedua pertandingan grup melawan [[Tim nasional bulu tangkis Inggris|Inggris]] dan [[Tim nasional bulu tangkis Malaysia|Malaysia]] dan segera mengakui mereka bermain kehilangan gaya permainan.<ref>{{cite news|url=http://afp.google.com/article/ALeqM5gWQaWArVDofdTMIwGvZwiuTyQ9Ng|title=Controversy as Koreans admit throwing badminton match|publisher=AFP|date=12-05-2008|accessdate=13-05-2008}}</ref><ref>{{cite news|url=http://ca.reuters.com/article/sportsNews/idCAL1786543720080512|title=South Korea in losing play at Thomas Cup|publisher=[[Reuters]]|date=12-05-2008|accessdate=13-05-2008}}</ref> Namun, manajer Korea Selatan membantah kesalahan apapun pada mereka dan menyalahkan pada format pertandingan.<ref>{{cite news|url=http://thestar.com.my/sports/story.asp?file=/2008/5/13/sports/21226123&sec=sports|title=Badminton: Blame it on the format, says Korean manager|publisher=The Star|date=13-05-2008|accessdate=13-05-2008}}</ref> Kontroversi ini memaksa BWF untuk menguji kembali aturan dan format untuk turnamen mendatang.<ref>{{cite news|url=http://ca.reuters.com/article/sportsNews/idCASP28378820080513|title=Rules to be reassessed after South Korea throws matches|publisher=[[Reuters]]|date=12-05-2008|accessdate=13-05-2008}}</ref>
