Sunan Kudus adalah putra Sunan Ngudung atau RadenSyekh Usman Hajisabil, dengan Syarifah Ruhil atau Dewi Ruhil yang bergelar Nyai Anom Manyuran binti Nyai Ageng Melaka binti Sunan Ampel. Sunan Kudus adalah keturunan ke-24 dari Nabi Muhammad. Sunan Kudus bin Sunan Ngudung bin FadhalKholifah Ali MurtadhaHusain bin IbrahimIbrohim ZainuddinMaulana Al-AkbarIshaq bin Jamaluddin Al-HusainJunaid bin AhmadAbdul JalaluddinQodir bin AbdillahSyuaib bin AbdulAbdu MalikJabbar Azmatkhanbin Abdurrazzaq bin AlwiAbdul Ammil FaqihAziz bin Muhammad Shahib MirbathSholeh bin AliSyekh Khali’Abdul QasamQodir binAl AlwiJilani bin MuhammadAbu binSholeh AlwiJanki bin Ubaidillahdausat bin Ahmad Al-MuhajirAbdullah bin IsaYahya bin Muhammad bin AliAl-UraidhiDaud bin Ja’farMusa Shadiqbin Abdullah bin Muhammadhasan Al-Baqir Mustanna bin AliHasan ZainalAs Abidin bin Al-HusainSibthi bin Sayyidah Fathimah Az-Zahra binti Nabi Muhammad Rasulullah.<ref name="Shohibul Faroji Azmatkhan">{{cite book|pages=30 |title=Ensiklopedi Nasab Imam Al-Husain|first=Shohibul Faroji |last=Azmatkhan|publisher=Penerbit Walisongo Center|year=2011|isbn=9789798451164}}</ref>
