[[Berkas:Japanese troops final stages to conquest Singapore, Johore Bahru (AWM 127900).JPG|jmpl|kiri|Pasukan Jepang saat berada di jalan Johor Bahru dalam tahap-tahap terakhir mereka pada [[Pertempuran Malaya]] untuk [[Pertempuran Singapura|menaklukkan Singapura]]: gambar diambil pada 31 Januari 1942.]]
Pembangunan kota Johor terhenti setelah [[Kekaisaran Jepang|Jepang]] yang berada di bawah pimpinan Jenderal [[Tomoyuki Yamashita]] menyerang kota tersebut pada 31 Januari 1942. Jepang sendiri telah memasuki Johor barat laut pada 15 Januari, sehingga mereka dapat dengan mudah menaklukkan kota-kota besar di Johor seperti [[Batu Pahat (kota)|Batu Pahat]], [[Yong Peng]], [[Kluang]], dan [[Ayer Hitam]].<ref name="LimWong2000">{{cite book|author1=Patricia Pui Huen Lim|author2=Diana Wong|title=War and Memory in Malaysia and Singapore|url=https://books.google.com/books?id=ADkiembZcLYC&pg=PA140|date=1 Januari 2000|publisher=Institute of Southeast Asian Studies|isbn=978-981-230-037-9|pages=140–145}}</ref> Inggris dan [[Sekutu Perang Dunia II|pasukan Sekutu]] lainnya terpaksa hijrah ke Johor Bahru; namun, setelah Jepang terus menerus membombardir posisi pasukan Sekutu pada 29 Januari, pasukan Inggris mundur ke Singapura dan meledakkan jalan layang di antara kedua kota tersebut pada hari berikutnya sebagai upaya terakhir untuk menghentikan pergerakan pasukan Jepang.<ref name="LimWong2000"/> Jepang kemudian menggunakan kediaman Sultan di [[Istana Bukit Serene]], Johor Bahru, sebagai pangkalan sementara mereka untuk menjalankan rencana [[Pertempuran Singapura|penaklukan Singapura]] sesambil menunggu penghubungan kembali jalan layang yang telah terputus.<ref>{{cite web|url=http://ajrp.awm.gov.au/ajrp/AJRP2.nsf/5c2a7f65120f209aca256b6d0020a228/e2909070f075fdbeca256946001ef8ab?OpenDocument|title=War for the Empire: Malaya and Singapore, Dec 1941 to Feb 1942|author=Richard Reid|work=[[Australian War Memorial]]|publisher=Australia-Japan Research Project|accessdate=2 Juli 2015|archiveurl=https://web.archive.org/web/20150702004451/http://ajrp.awm.gov.au/ajrp/AJRP2.nsf/5c2a7f65120f209aca256b6d0020a228/e2909070f075fdbeca256946001ef8ab?OpenDocument|archivedate=2 July 2015|deadurl=yes}}</ref><ref>{{cite book|author=Bill Yenne|title=The Imperial Japanese Army: The Invincible Years 1941–42|url=https://books.google.com/books?id=LTZfBAAAQBAJ&pg=PA140|date=20 September 2014|publisher=Osprey Publishing|isbn=978-1-78200-982-5|pages=140–}}</ref> Jepang memilih istana tersebut sebagai pangkalan, karena mereka tahu Inggris tidak akan berani menyerang tempat tersebut mengingat mereka menjalin hubungan yang erat dengan Johor.<ref name="LimWong2000"/>
[[Berkas:Singapore causeway blown up.jpg|jmpl|kiri|Pemandangan [[Jalan Layang Johor–Singapura]] setelah diruntuhkan oleh pasukan [[Sekutu Perang Dunia II|Sekutu]] sebagai tindakan terakhir untuk menghentikan pergerakan pasukan Jepang]]
